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- PDB-1s1l: Influence of Groove Interactions on the Formation of DNA Holliday... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s1l
タイトルInfluence of Groove Interactions on the Formation of DNA Holliday Junctions
要素5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
キーワードDNA / Holliday Junction / DNA Four-Way Junction / major groove / Inosine / minor groove
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hays, F.A. / Jones, Z.J. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Influence of minor groove substituents on the structure of DNA holliday junctions.
著者: Hays, F.A. / Jones, Z.J. / Ho, P.S.
履歴
登録2004年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE FULL BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF A FOUR STRANDED DNA HOLLIDAY JUNCTION. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0902
ポリマ－6,0902
非ポリマー00
水1,11762
1
A: 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'

A: 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1804
ポリマ－12,1804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)64.923, 24.869, 37.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-49-

HOH

詳細Full four stranded Holliday junction structure is generated by a 2-fold symmetry axis.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*(OIP)*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'


分子量: 3045.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25mM Na Cacodylate, .5mM DNA, 180mM CaCl2, 2.4mM spermine against 20% resevoir MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na Cacodylate11
2.5mM DNA11
3CaCl211
4spermine11
5MPD12
6Na Cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月8日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→18.2 Å / Num. all: 3492 / Num. obs: 3492 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 61.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ndb id UD0019

解像度: 2.2→18.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 44978.75 / Data cutoff high rms absF: 44978.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 286 10 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.266 3492 --
obs0.236 2852 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.3728 Å2 / ksol: 0.360393 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å2-1.93 Å2
2--2.33 Å20 Å2
3----4.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 0 62 466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 40 9.3 %
Rwork0.267 391 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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