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- PDB-1rz9: Crystal Structure of AAV Rep complexed with the Rep-binding sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rz9
タイトルCrystal Structure of AAV Rep complexed with the Rep-binding sequence
要素
  • (26-MER) x 2
  • Rep protein
キーワードViral protein/DNA / Protein-DNA complex / Viral protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / endonuclease activity / DNA replication / host cell nucleus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. ...Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA binding trs helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hickman, A.B. / Ronning, D.R. / Perez, Z.N. / Kotin, R.M. / Dyda, F.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: The nuclease domain of adeno-associated virus rep coordinates replication initiation using two distinct DNA recognition interfaces.
著者: Hickman, A.B. / Ronning, D.R. / Perez, Z.N. / Kotin, R.M. / Dyda, F.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structural unity among viral origin binding proteins: crystal structure of the nuclease domain of adeno-associated virus Rep.
著者: Hickman, A.B. / Ronning, D.R. / Kotin, R.M. / Dyda, F.
履歴
登録2003年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: 26-MER
G: 26-MER
A: Rep protein
B: Rep protein
C: Rep protein
D: Rep protein
E: Rep protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8667
ポリマ－129,8667
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.671, 131.706, 82.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 26-MER


分子量: 7939.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 26-MER


分子量: 8042.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Rep protein


分子量: 22776.982 Da / 分子数: 5 / Fragment: AAV5 Rep Nuclease Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
属: Dependovirus / 遺伝子: rep / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9YJC1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1reservoirpH7.5
20.12 M1reservoirNaCl
320 %(w/v)PEG30001drop
40.1 Msodium citrate1droppH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 23530 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 3 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 74.7
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / Num. obs: 23005 / % possible obs: 87.8 % / Num. measured all: 72828 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M55

1m55


解像度: 3.1→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 270093.95 / Data cutoff high rms absF: 270093.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 1137 4.8 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.286 23530 84 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.191139 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.91 Å20 Å2-9.74 Å2
2--23.46 Å20 Å2
3----12.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7900 1060 0 0 8960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.372.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 149 4.8 %
Rwork0.325 2956 -
obs--66.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 22393 / Rfactor Rfree: 0.316 / Rfactor Rwork: 0.287
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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