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- PDB-1rxq: YfiT from Bacillus subtilis is a probable metal-dependent hydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxq
タイトルYfiT from Bacillus subtilis is a probable metal-dependent hydrolase with an unusual four-helix bundle topology
要素yfiT
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nickel-binding / hydrolase / helix-bundle / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / metal-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / hydrolase activity / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative metal-dependent hydrolase YfiT / DinB-like domain / DinB superfamily / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / GLUTAMIC ACID / GLYCINE / NICKEL (II) ION / SERINE / THREONINE / : / Putative metal-dependent hydrolase YfiT
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rajan, S.S. / Yang, X. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: YfiT from Bacillus subtilis Is a Probable Metal-Dependent Hydrolase with an Unusual Four-Helix Bundle Topology
著者: Rajan, S.S. / Yang, X. / Shuvalova, L. / Collart, F. / Anderson, W.F.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: yfiT
B: yfiT
C: yfiT
D: yfiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,41914
ポリマ－83,5444
非ポリマー87510
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: yfiT
D: yfiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,53010
ポリマ－41,7722
非ポリマー7588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA, PQS
3
B: yfiT
C: yfiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8894
ポリマ－41,7722
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.370, 50.420, 89.410
Angle α, β, γ (deg.)104.38, 90.61, 112.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg label comp-ID: ILE / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 10 - 178 / Label seq-ID: 10 - 178

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21DD
12BB
22CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
yfiT


分子量: 20885.986 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yfiT / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: GenBank: 16077906, UniProt: O31562*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 479分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#7: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 23% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 75437 / Num. obs: 70594 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.36 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21708 3743 5 %RANDOM
Rwork0.18644 ---
obs0.18798 70594 93.58 %-
all-74337 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.27 Å20.09 Å2
2--0.18 Å20.12 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5690 0 41 469 6200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0215851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8981.9327936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.667312107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5895689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.31359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.35959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.53398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.5517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1840.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.381
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.519
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2251.53460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.33425607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.98932391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9094.52329
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2657tight positional0.270.05
2B2658tight positional0.260.05
1A2657tight thermal0.890.5
2B2658tight thermal0.940.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.266 204
Rwork0.239 3603
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2027-1.2457-0.38442.54440.58851.8721-0.0361-0.22350.17490.3440.0759-0.12060.01710.2144-0.03970.1174-0.0403-0.01660.1362-0.00330.053814.5981-4.4341-9.5267
21.4933-0.6035-0.22022.56710.57952.13650.1110.1190.2218-0.2343-0.0377-0.2472-0.04130.1593-0.07320.07650.00310.04140.10240.02880.1134-12.5035-6.572917.7317
32.4063-1.1913-0.19133.1564-0.34171.6975-0.00060.0621-0.1491-0.05410.05230.12420.2435-0.139-0.05170.0652-0.0408-0.02480.042-0.0060.0378-24.7252-20.325432.644
40.9632-1.21790.04864.1095-0.11220.83040.0950.1441-0.1177-0.3077-0.11720.11090.07180.06550.02220.07930.0055-0.0190.0929-0.00790.06685.5765-10.0298-30.7795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 17810 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2BB10 - 17810 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3CC10 - 17810 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4DD10 - 17810 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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