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- PDB-1rxc: E. COLI uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxc
タイトルE. COLI uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / pentosyltransferase / uridine phosphorylase / 5-fluorouracil / induced fit / specificity / potassium
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-FLUOROURIDINE / : / PHOSPHATE ION / 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-FLUOROURACIL / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of escherichia coli uridine phosphorylase in two native and three complexed forms reveal basis of substrate specificity, induced conformational changes and influence of potassium
著者: Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,70335
ポリマ－326,26912
非ポリマー3,43423
水20,6991149
1
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,05319
ポリマ－163,1346
非ポリマー1,91813
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24310 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area45390 Å2
手法PISA
2
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,65016
ポリマ－163,1346
非ポリマー1,51610
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23370 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area45340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.188, 191.701, 91.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly is a hexamer. the a.u. contains two hexamers, the first consisting of chains A,B,C,D,E,F and the second of chains G,H,I,J,K,L.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase / UrdPase / UPase


分子量: 27189.055 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: this structure consists of twelve monomers, nine of which are in the closed conformation (containing substrate, 5-fluorouracil and ribose-1-phosphate) and three are in the open conformation. ...詳細: this structure consists of twelve monomers, nine of which are in the closed conformation (containing substrate, 5-fluorouracil and ribose-1-phosphate) and three are in the open conformation. one of the closed active sites (chain j) appears to contain the products of nucleoside synthesis, namely 5-fluorouridine and phosphate. the dimer consisting of chains g and h is the only dimer with both monomers in the open conformation with no concomitant potassium binding.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP / プラスミド: pPROEX::pvdS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#3: 糖
ChemComp-R1P / 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / RIBOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-phosphono-D-ribose / 1-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 1164分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU


分子量: 130.077 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3FN2O2 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-5UD / 5-FLUOROURIDINE / 5-フルオロウリジン


分子量: 262.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11FN2O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch method under oil / pH: 7.5
詳細: TRIS HCL, PEG4000, POTASSIUM ACETATE, 5-FLUOROURACIL, RIBOSE-1-PHOSPHATE, pH 7.50, BATCH METHOD UNDER OIL, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月1日 / 詳細: OSMIC
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→16.93 Å / Num. all: 105171 / Num. obs: 105171 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 13305 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.35→16.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.145 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.808 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 5294 5 %RANDOM
Rwork0.14999 ---
obs0.15267 99877 92.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.05 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.242 Å0.249 Å
Luzzati d res low-16.93 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→16.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22320 0 212 1149 23681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02122904
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0221206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2141.96131109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.819349151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21152953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.23707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0225463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.24340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.226007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.214280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.140.218
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.215
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4061.514711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.757223698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.01538193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7864.57411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 361 -
Rwork0.171 6535 -
obs-6535 83.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83470.38330.08150.80720.00770.8914-0.0001-0.00750.1666-0.09140.01450.2307-0.0704-0.1429-0.01440.10220.0177-0.04140.10730.00010.1798-30.671.12123.794
20.6713-0.14610.10040.77440.07730.7733-0.0189-0.11570.01320.04490.00830.16360.0372-0.05530.01060.0998-0.01580.01550.1395-0.02660.1211-27.431-8.13847.443
30.8015-0.31880.01080.9945-0.47750.8041-0.034-0.14240.07560.2237-0.0494-0.0644-0.02040.04180.08330.1727-0.039-0.02270.1535-0.02410.0618-0.145-3.27861.236
40.91760.2418-0.23460.68290.29950.95780.0408-0.18730.00030.0530.0066-0.1240.08920.1697-0.04740.1052-0.0018-0.04060.17070.00780.104220.504-1.69146.517
50.903-0.0663-0.03430.70520.3530.71060.03530.08140.0776-0.0778-0.0033-0.0589-0.06490.1081-0.0320.148-0.01550.01670.11720.03660.09816.5138.99317.512
60.85420.16630.16560.9712-0.18650.4482-0.02990.10410.08-0.1590.02670.05620.02410.03030.00320.1799-0.0014-0.01610.10570.02420.0897-5.4223.9646.081
71.1512-0.2892-0.20130.7332-0.12380.743-0.0263-0.1007-0.08650.0181-0.0403-0.1109-0.05110.16110.06660.0742-0.022-0.01210.15290.03220.136628.114-48.69820.072
81.33130.587-0.23210.9542-0.31090.6676-0.01740.1331-0.1553-0.0401-0.0729-0.09440.00360.09360.09030.0888-0.00310.01490.1465-0.02650.114622.458-43.864-5.33
90.9818-0.0101-0.16890.55560.21710.5735-0.03690.2205-0.0781-0.06270.0333-0.011-0.0927-0.00060.00360.1328-0.0291-0.00250.1752-0.04820.073-6.433-36.03-12.527
100.7601-0.0387-0.0950.4942-0.03080.6039-0.03480.1059-0.13380.01340.05370.055-0.0129-0.0687-0.01890.1211-0.0082-0.00450.121-0.03560.1374-25.061-44.3692.425
111.0079-0.0487-0.07930.6962-0.04820.4134-0.0253-0.1707-0.15490.05640.01340.0736-0.03340.02920.01190.1309-0.00050.02190.1180.04130.1278-18.451-49.37632.026
120.9864-0.01010.02520.58050.21820.719-0.037-0.2434-0.24910.07450.0447-0.03770.01770.0804-0.00770.10020.0205-0.00420.16180.10.13544.638-56.82738.349
130000000000000000.1436000.143600.1436-0.306-5.6826.941
14-46.2098-20.55721.0788-10.341310.1451.67150.0331-0.13160.27150.11890.08470.3472-0.1807-0.2017-0.11780.14220.0003-0.00050.1416-0.00130.14120.542-0.0275.559
150000000000000000.1436000.143600.1436-25.796-16.28640.675
16-26.4333-1.91-30.4632-13.963219.2057-19.3882-0.00860.6457-0.1371-0.47950.066-0.53890.03790.6363-0.05740.14070.0001-0.00070.13990.00060.1409-29.227-11.941.509
170000000000000000.1436000.143600.143617.312-12.20346.395
180000000000000000.1436000.143600.143618.072-7.60549.831
190000000000000000.1436000.143600.143610.52318.00818.514
20-23.2658-39.3143-5.2295-31.39816.3481-38.576-0.0255-0.3232-0.19190.30670.05580.25920.0353-0.2945-0.03030.1408-0.0007-0.00060.1401-0.00080.140212.0513.87114.763
210000000000000000.1436000.143600.1436-8.638-27.797-5.894
22-34.4372.3158-12.3748-6.175220.8693-13.44840.0027-0.1764-0.17910.20380.0125-0.19450.25120.2698-0.01520.1403-0.000200.14040.00020.1411-11.274-31.778-9.134
23-38.3658.9274-6.7936-4.875.3194-39.4488-0.0040.0523-0.1984-0.1153-0.0307-0.0236-0.07560.07920.03470.14100.00050.142600.1428-21.392-50.672-3.413
240000000000000000.1436000.143600.1436-24.989-46.308-3.432
250000000000000000.1436000.143600.1436-13.184-40.16335.717
26-6.531225.2734-1.32724.97023.5616-7.35530.00480.0794-0.0885-0.0908-0.0070.0770.0809-0.04010.00220.1428-0.00010.00010.1428-0.00030.1422-14.082-45.6637.09
270000000000000000.1436000.143600.1436-0.09-65.12933.134
28-11.51786.233482.2257-4.339427.5838-32.9463-0.01550.2824-0.0115-0.1960.14280.0917-0.36050.3177-0.12730.14110.0036-0.0010.1396-0.00050.143-1.04-61.17937.271
290000000000000000.1436000.143600.14361.9887.79360.051
30-9.68568.8153.7353-3.6164-4.3801-6.498-0.0016-0.0019-0.04890.0021-0.00120.01770.0308-0.01270.00290.1434-0.0001-0.00010.143400.14344.5332.59161.159
310000000000000000.1436000.143600.1436-31.189-3.67635.952
320000000000000000.1436000.143600.143611.52-2.47555.77
330000000000000000.1436000.143600.14366.2836.9599.879
340000000000000000.1436000.143600.1436-17.205-39.57-6.502
350000000000000000.1436000.143600.1436-7.603-53.537.32
360.14160.009-0.01280.04850.02790.0163-0.0090.0002-0.0153-0.00350.00370.0038-0.01660.00520.00530.0603-0.0024-0.01830.06150.01370.0083-2.116-23.46421.296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 253
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 253
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 253
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 253
9X-RAY DIFFRACTION9I4 - 253
10X-RAY DIFFRACTION10J4 - 253
11X-RAY DIFFRACTION11K4 - 253
12X-RAY DIFFRACTION12L4 - 253
13X-RAY DIFFRACTION13F2001
14X-RAY DIFFRACTION14F2002
15X-RAY DIFFRACTION15B2011
16X-RAY DIFFRACTION16B2012
17X-RAY DIFFRACTION17D2021
18X-RAY DIFFRACTION18D2022
19X-RAY DIFFRACTION19E2031
20X-RAY DIFFRACTION20E2032
21X-RAY DIFFRACTION21I2041
22X-RAY DIFFRACTION22I2042
23X-RAY DIFFRACTION23J2051
24X-RAY DIFFRACTION24J2052
25X-RAY DIFFRACTION25K2061
26X-RAY DIFFRACTION26K2062
27X-RAY DIFFRACTION27L2071
28X-RAY DIFFRACTION28L2072
29X-RAY DIFFRACTION29C2081
30X-RAY DIFFRACTION30C2082
31X-RAY DIFFRACTION31A2101
32X-RAY DIFFRACTION32C2102
33X-RAY DIFFRACTION33E2103
34X-RAY DIFFRACTION34I2104
35X-RAY DIFFRACTION35K2105
36X-RAY DIFFRACTION36A2102 - 2191
37X-RAY DIFFRACTION36C2103 - 2187
38X-RAY DIFFRACTION36B2013 - 2113
39X-RAY DIFFRACTION36E2104 - 2201
40X-RAY DIFFRACTION36D2023 - 2108
41X-RAY DIFFRACTION36G254 - 342
42X-RAY DIFFRACTION36F2003 - 2098
43X-RAY DIFFRACTION36I2105 - 2199
44X-RAY DIFFRACTION36H254 - 366
45X-RAY DIFFRACTION36K301 - 1147
46X-RAY DIFFRACTION36J2053 - 2172
47X-RAY DIFFRACTION36L2073 - 2156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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