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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rss | ||||||
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タイトル | RIBOSOMAL PROTEIN S7 FROM THERMUS THERMOPHILUS | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN S7 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING / TRANSLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wimberly, B. / White, S. / Ramakrishnan, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 A resolution reveals a beta-hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids. 著者: Wimberly, B.T. / White, S.W. / Ramakrishnan, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17351.115 Da / 分子数: 1 / 変異: 5 RESIDUES DELETED FROM N-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株: BL21 / 遺伝子: S7 / プラスミド: PET-13A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): S7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: 2 WAVELENGTH MAD EXPERIMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8 詳細: CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 6% MPD, 0.1 M NAHCO3, 0.1 M TRIS PH 8.0 AT 4 C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4-13 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年5月15日 | |||||||||
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 13428 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 37 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 95 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 103923 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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