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- PDB-1rrg: NON-MYRISTOYLATED RAT ADP-RIBOSYLATION FACTOR-1 COMPLEXED WITH GD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rrg
タイトルNON-MYRISTOYLATED RAT ADP-RIBOSYLATION FACTOR-1 COMPLEXED WITH GDP, DIMERIC CRYSTAL FORM
要素RAT ADP-RIBOSYLATION FACTOR-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GDP-BINDING / MEMBRANE TRAFFICKING / HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosphingolipid transport / synaptic vesicle budding / positive regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of phospholipid metabolic process / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Golgi to transport vesicle transport / lysosomal membrane organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phospholipase D activator activity / Intra-Golgi traffic ...Glycosphingolipid transport / synaptic vesicle budding / positive regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of phospholipid metabolic process / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Golgi to transport vesicle transport / lysosomal membrane organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phospholipase D activator activity / Intra-Golgi traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / postsynaptic actin cytoskeleton organization / trans-Golgi Network Vesicle Budding / COPI-coated vesicle / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitotic cleavage furrow ingression / Lysosome Vesicle Biogenesis / very-low-density lipoprotein particle assembly / regulation of receptor internalization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / dendritic spine organization / peroxisomal membrane / long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / cell leading edge / positive regulation of endocytosis / intracellular copper ion homeostasis / vesicle-mediated transport / endomembrane system / sarcomere / small monomeric GTPase / actin filament organization / positive regulation of protein secretion / intracellular protein transport / trans-Golgi network / GDP binding / late endosome / neuron projection / postsynaptic density / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / Golgi apparatus / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Jhoti, H. / Bax, B.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: The structure of rat ADP-ribosylation factor-1 (ARF-1) complexed to GDP determined from two different crystal forms.
著者: Greasley, S.E. / Jhoti, H. / Teahan, C. / Solari, R. / Fensome, A. / Thomas, G.M. / Cockcroft, S. / Bax, B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Adp-Ribosylation Factor 1
著者: Greasley, S. / Jhoti, H. / Fensome, A.C. / Cockcroft, S. / Thomas, G.M. / Bax, B.
履歴
登録1995年12月16日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAT ADP-RIBOSYLATION FACTOR-1
B: RAT ADP-RIBOSYLATION FACTOR-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3786
ポリマ－41,4432
非ポリマー9354
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.360, 45.010, 91.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RAT ADP-RIBOSYLATION FACTOR-1 / ARF-1


分子量: 20721.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84079
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS HAVE BEEN NAMED TO PRESERVE THE ACCEPTED NOMENCLATURE FOR THE RAS SUPERFAMILY.
非ポリマーの詳細MAGNESIUM MAY NOT BE FULLY OCCUPIED OR MAY BE A WATER MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
222 %PEG80001reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月30日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 13030 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.01 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射
*PLUS
Num. measured all: 40351

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 -5 %
Rwork0.187 --
obs0.187 12521 -
原子変位パラメータBiso mean: 42.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2848 0 58 212 3118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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