[日本語] English
万見
- PDB-1rr8: Structural Mechanisms of Camptothecin Resistance by Mutations in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rr8
タイトルStructural Mechanisms of Camptothecin Resistance by Mutations in Human Topoisomerase I
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • DNA topoisomerase I
キーワードISOMERASE/DNA / Protein-DNA complex / Topotecan / Camptothecin / Nucleic Acid / Human Topoisomerase I / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation / protein-DNA complex / P-body / circadian regulation of gene expression / fibrillar center / circadian rhythm / chromosome / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / perikaryon / peptidyl-serine phosphorylation / DNA replication / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #10 / : / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #10 / : / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily / Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment / C-terminal topoisomerase domain / DNA Topoisomerase I (eukaryota) / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Beta Complex / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TTC / Chem-TTG / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chrencik, J.E. / Staker, B.L. / Burgin, A.B. / Stewart, L. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Mechanisms of camptothecin resistance by human topoisomerase I mutations
著者: Chrencik, J.E. / Staker, B.L. / Burgin, A.B. / Pourquier, P. / Pommier, Y. / Stewart, L. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2003年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
C: DNA topoisomerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1455
ポリマ－80,2843
非ポリマー8612
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.59, 115.585, 75.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 6806.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 6690.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 DNA topoisomerase I / 5.99.1.2


分子量: 66786.859 Da / 分子数: 1 / Mutation: F361S,Q634R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11387, DNA topoisomerase

-
非ポリマー , 3種, 306分子

#4: 化合物 ChemComp-TTG / 2-(1-DIMETHYLAMINOMETHYL-2-HYDROXY-8-HYDROXYMETHYL-9-OXO-9,11-DIHYDRO-INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-7-YL)-2-HYDROXY-BUTYRIC ACID / HYDROLYZED PRODUCT OF TOPOTECAN / (αS)-α-ヒドロキシ-8-オキシラト-1(11H)-オキソ-α-エチル-2-(ヒドロキシメチル)-9-(ジメチルア(以下略)


分子量: 439.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O6
#5: 化合物 ChemComp-TTC / (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE / TOPOTECAN, HYCAMTIN / トポテカン


分子量: 421.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N3O5 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, 200mM Lithium Sulfate, 100mM Mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG11
2LiSO411
3MES11
4PEG12
5LiSO412

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月4日
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20.02 Å / Num. all: 30063 / Num. obs: 27855 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rsym value: 0.085
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K4T

1k4t


解像度: 2.6→19.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2744 -RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.242 27855 --
obs0.292 27855 10 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å20 Å25.78 Å2
2---7.52 Å20 Å2
3---5.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 895 63 304 5386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.054
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 2744 -
Rwork0.242 --
obs--92.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る