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万見
- PDB-1rqv: Spatial model of L7 dimer from E.coli with one hinge region in he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rqv
タイトルSpatial model of L7 dimer from E.coli with one hinge region in helical state
要素50S ribosomal protein L7/L12
キーワードRIBOSOME / protein L7/L12
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosome binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like ...Single helix bin / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL12
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics in torsion angle space
データ登録者Bocharov, E.V. / Sobol, A.G. / Pavlov, K.V. / Korzhnev, D.M. / Jaravine, V.A. / Gudkov, A.T. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: From structure and dynamics of protein L7/L12 to molecular switching in ribosome
著者: Bocharov, E.V. / Sobol, A.G. / Pavlov, K.V. / Korzhnev, D.M. / Jaravine, V.A. / Gudkov, A.T. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2003年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L7/L12
B: 50S ribosomal protein L7/L12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3562
ポリマ－24,3562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100structures with the least restraint violations,target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L7/L12 / L8


分子量: 12177.960 Da / 分子数: 2 / 断片: L7 dimer / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pPR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 / 参照: UniProt: P0A7K2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1222D NOESY
1313D 15N-HNHB
14115N-HMQCJ
15315N-JNH MODULATED HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was modeled using NMR and X-Ray structure of protein L7/L12.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C90% H2O/10% D2O
21mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C99.9% D2O
31mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.3bVARIAN USAcollection
XEASY1.2.11Bartels, C.データ解析
CYANA1.01Guntert, P.構造決定
FANTOM4Schaumann, T.精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics in torsion angle space
ソフトェア番号: 1
詳細: The model of L7 dimer with the one unordered, extended hinge region and the second hinge region in helical conformation was calculated using the mean NMR structures of its N- and C-terminal ...詳細: The model of L7 dimer with the one unordered, extended hinge region and the second hinge region in helical conformation was calculated using the mean NMR structures of its N- and C-terminal domains and NMR derived constraints obtained for U-15N protein L7, as well as angle constraints for the helical hinge region, which are obtained from X-Ray structure of protein L12 from T.maritima (PDB code 1DD3).
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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