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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rpu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CIRV p19 bound to siRNA | ||||||
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![]() | RNA Binding Protein/RNA / RNAi / PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA DOUBLE HELIX / RNA LENGTH RECOGNITION / RNA Binding Protein-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vargason, J.M. / Szittya, G. / Burgyan, J. / Hall, T.M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Size selective recognition of siRNA by an RNA silencing suppressor 著者: Vargason, J.M. / Szittya, G. / Burgyan, J. / Hall, T.M.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6680.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by Dharmacon #2: タンパク質 | 分子量: 19358.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Tombusvirus / 遺伝子: p19 / プラスミド: pGEX2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG MME 2000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 17767 / Num. obs: 17767 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.087 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.381 / % possible all: 95.4 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 18.9 % / Num. measured all: 318939 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |