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- PDB-1rkr: CRYSTAL STRUCTURE OF AZURIN-I FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS NCIMB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AZURIN-I FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS NCIMB 11015
要素AZURIN-I
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Li, C. / Inoue, T. / Gotowda, M. / Suzuki, S. / Yamaguchi, K. / Kataoka, K. / Kai, Y.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of azurin I from the denitrifying bacterium Alcaligenes xylosoxidans NCIMB 11015 at 2.45 A resolution.
著者: Li, C. / Inoue, T. / Gotowda, M. / Suzuki, S. / Yamaguchi, K. / Kunishige, K. / Kai, Y.
#1: ジャーナル: Chem.Lett. / 年: 1995
タイトル: Isolation and Characterization of Two Distinct Azurins from Alcaligenes Xylosoxidans Subsp. Xylosoxidans Ncib11015 or Gifu1051
著者: Yamaguchi, K. / Deligeer / Nakamura, N. / Shidara, S. / Iwasaki, H. / Suzuki, S.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1994
タイトル: Structure of Azurin from Achromobacter Xylosoxidans Ncib11015 at 2.5 A Resolution
著者: Inoue, T. / Shibata, N. / Nakanishi, H. / Koyama, S. / Ishii, H. / Kai, Y. / Harada, S. / Kasai, N. / Ohshiro, Y. / Suzuki, S. / Kohzuma, T. / Yamaguchi, K. / Shidara, S. / Iwasaki, H.
履歴
登録1997年5月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AZURIN-I
B: AZURIN-I
C: AZURIN-I
D: AZURIN-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8748
ポリマ－55,6194
非ポリマー2544
水1,45981
1
A: AZURIN-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9682
ポリマ－13,9051
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AZURIN-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9682
ポリマ－13,9051
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: AZURIN-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9682
ポリマ－13,9051
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: AZURIN-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9682
ポリマ－13,9051
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: AZURIN-I
ヘテロ分子

A: AZURIN-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9374
ポリマ－27,8102
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area890 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.670, 54.260, 74.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
AZURIN-I


分子量: 13904.841 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
株: NCIMB 11015 / 参照: UniProt: P56547
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
316 %(w/v)PEG1drop
40.1 MTris-HCl1reservoir
528 %(w/v)PEG1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 11462 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / % possible all: 82.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 19618
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.3 % / Num. unique obs: 904 / Num. measured obs: 1087

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROCESSデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3精密化
PROCESSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AZURIN-II FROM THE SAME BACTERIUM

解像度: 2.45→8 Å / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 568 5 %
Rwork0.173 --
obs0.173 10895 58.6 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 4 81 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg5.488
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.32
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.473
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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