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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rj7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of EDA-A1 | ||||||
![]() | Ectodysplasin A | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / EDA / TNF / beta-bulge / morphogen / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() trachea gland development / animal organ development / salivary gland cavitation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / death receptor agonist activity / TNFs bind their physiological receptors / collagen trimer / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / pigmentation ...trachea gland development / animal organ development / salivary gland cavitation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / death receptor agonist activity / TNFs bind their physiological receptors / collagen trimer / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / pigmentation / odontogenesis of dentin-containing tooth / hair follicle placode formation / canonical Wnt signaling pathway / lipid droplet / cell-matrix adhesion / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / apical part of cell / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / gene expression / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell differentiation / cytoskeleton / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. / Yan, M. / Ackerly, H. / Dixit, V.M. / Starovasnik, M.A. / de Vos, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structures of EDA-A1 and EDA-A2: splice variants with distinct receptor specificity. 著者: Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. / Yan, M. / Wallweber, H.J. / Dixit, V.M. / Starovasnik, M.A. / de Vos, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 336.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 274.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 521.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 548.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit is composed of 4 trimers. A trimer is the biologically relevant unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17884.293 Da / 分子数: 12 / 断片: TNF domain of EDA-A1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M di-sodium hydrogen phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 70270 / Num. obs: 66402 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6606 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 94.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 66596 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all: 215586 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.239 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: truncated model of Apo2L/TRAIL from 1d0g 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 8.162 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.926 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.026 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.348 Å / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 66278 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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