PDB-1rj7: Crystal structure of EDA-A1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rj7

タイトル

Crystal structure of EDA-A1

要素

Ectodysplasin A

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / EDA / TNF / beta-bulge / morphogen / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

trachea gland development / animal organ development / salivary gland cavitation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFs bind their physiological receptors / death receptor agonist activity / collagen trimer / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / pigmentation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. / Yan, M. / Ackerly, H. / Dixit, V.M. / Starovasnik, M.A. / de Vos, A.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The crystal structures of EDA-A1 and EDA-A2: splice variants with distinct receptor specificity.
著者: Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M. / Yan, M. / Wallweber, H.J. / Dixit, V.M. / Starovasnik, M.A. / de Vos, A.M.

履歴

登録	2003年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rj7.cif.gz	336.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rj7.ent.gz	274.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rj7_validation.pdf.gz	521.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rj7_full_validation.pdf.gz	548.1 KB	表示
XML形式データ	1rj7_validation.xml.gz	63 KB	表示
CIF形式データ	1rj7_validation.cif.gz	85 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rj8C 1d0gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2p6c-3 5rav-2 2jl4-d 5rb2-2 3hhq-7 5rad-2 5rai-2 3hhq-1 5rb1-2 6tum-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ectodysplasin A

B: Ectodysplasin A

D: Ectodysplasin A

E: Ectodysplasin A

F: Ectodysplasin A

G: Ectodysplasin A

H: Ectodysplasin A

I: Ectodysplasin A

J: Ectodysplasin A

K: Ectodysplasin A

L: Ectodysplasin A

M: Ectodysplasin A

215 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ectodysplasin A

B: Ectodysplasin A

D: Ectodysplasin A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Ectodysplasin A

F: Ectodysplasin A

G: Ectodysplasin A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

H: Ectodysplasin A

I: Ectodysplasin A

J: Ectodysplasin A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

K: Ectodysplasin A

L: Ectodysplasin A

M: Ectodysplasin A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.657, 279.687, 54.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The asymmetric unit is composed of 4 trimers. A trimer is the biologically relevant unit

#1: タンパク質	Ectodysplasin A / Ectodermal dysplasia protein / EDA protein 分子量: 17884.293 Da / 分子数: 12 / 断片: TNF domain of EDA-A1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ED1, EDA / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92838
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ectodysplasin A / Ectodermal dysplasia protein / EDA protein

分子量: 17884.293 Da / 分子数: 12 / 断片: TNF domain of EDA-A1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ED1, EDA / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92838

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M di-sodium hydrogen phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	9.5 mg/ml	protein	1	drop
2	20 %	PEG3350	1	reservoir
3	0.2 M	di-sodium hydrogen phosphate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 70270 / Num. obs: 66402 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6606 / R_sym value: 0.24 / % possible all: 94.5
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 66596 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all*: 215586
反射シェル	PLUS % possible obs: 93.1 % / R_merge(I) obs*: 0.239

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.07	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: truncated model of Apo2L/TRAIL from 1d0g

1d0g

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 8.162 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.926 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26029	7099	10.7 %	THIN SHELLS
R_work	0.19424	-	-	-
all	0.2012	59179	-	-
obs	0.20127	59179	94.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.026 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.93 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13548	0	0	339	13887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	13834
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	1.938	18751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	3	28980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.998	5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.296	24.253	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.827	15	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.276	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	14127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	7846
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.289	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.672	5	8579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.4	6	13904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.521	6	5255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.523	8	4847

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.348 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	520	-
R_work	0.199	3291	-
obs	-	-	94.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3322	-0.3233	1.8194	2.177	-0.0832	3.5412	0.0678	0.1436	0.2598	-0.0609	-0.1406	-0.0161	-0.2014	0.0948	0.0728	0.114	-0.0093	0.0203	0.077	-0.0134	0.1144	20.5435	13.1715	70.8606
2	4.0743	0.3078	0.2335	3.8271	0.8752	4.7847	0.1585	-0.1445	-0.4486	0.173	-0.1487	0.2628	0.2546	-0.3195	-0.0098	0.1028	-0.0397	0.0079	0.1261	0.0134	0.2467	7.9038	-5.1784	75.8746
3	5.5174	-1.1296	0.872	4.5622	-0.8644	4.9123	0.1444	0.5165	-0.4524	-0.2753	-0.1485	-0.1409	0.1043	0.3248	0.0041	0.1047	0.0324	-0.0293	0.1445	-0.0764	0.2497	28.9338	-7.7421	66.8665
4	3.6555	-0.1735	1.4785	1.8233	-0.262	3.1397	0.0621	0.0994	-0.3167	-0.1462	-0.0029	0.0744	0.2836	-0.0873	-0.0592	0.114	0.0059	0.0268	0.0531	-0.0024	0.0703	41.0148	20.6446	52.222
5	3.8813	-0.3364	0.8249	2.048	-0.3463	1.4303	-0.0155	0.2683	0.079	-0.2102	0.0022	-0.0338	0.0061	0.1101	0.0133	0.1127	-0.0026	0.0342	0.0862	0.0223	0.0166	44.1945	40.0167	40.7622
6	3.8969	0.8732	0.9137	2.5298	0.2718	2.5887	-0.0329	-0.2452	0.1078	0.1342	0.0082	0.2632	-0.0616	-0.1462	0.0247	0.1099	0.035	0.0441	0.0475	0.0112	0.0678	35.115	40.4331	61.6959
7	4.2538	0.4096	-0.9116	4.5235	-0.2275	4.7079	0.0377	-0.3662	0.2751	0.2993	-0.0437	-0.1718	-0.1818	0.3829	0.0061	0.1236	-0.0413	-0.0307	0.1679	-0.0385	0.1873	4.7225	113.1079	14.3878
8	4.7557	-0.3344	-2.0527	2.0918	0.2206	4.4333	-0.0529	-0.1783	-0.2547	-0.1029	-0.0222	0.0917	0.538	0.2035	0.0751	0.2132	0.0241	-0.0184	0.0859	0.0298	0.1282	-2.8038	92.0277	9.9094
9	2.8977	0.4164	-0.3468	3.3953	-0.4412	5.3718	0.1002	0.138	0.4842	-0.0824	0.1212	0.4505	-0.0689	-0.7224	-0.2214	0.1305	-0.0048	-0.0396	0.1806	0.0584	0.293	-15.93	109.9266	4.0483
10	5.6217	-1.3003	-1.2975	3.1571	0.3339	2.1657	-0.0059	0.3027	-0.0871	-0.2732	0.0496	0.3371	0.132	-0.2145	-0.0437	0.1266	-0.0311	-0.0399	0.0771	0.0228	0.1203	11.7411	64.2894	16.9696
11	4.3475	0.294	-1.5921	1.945	-0.5537	2.9667	0.0485	-0.1922	0.3697	0.1589	0.0176	-0.0086	-0.2628	-0.0333	-0.066	0.1289	0.0116	0.0035	0.0424	-0.0134	0.1503	16.9718	83.2912	28.6191
12	3.7683	-0.7335	-0.2116	3.1462	-0.1845	2.1651	-0.0041	-0.3112	-0.138	0.2082	0.0481	0.1433	0.039	-0.1328	-0.044	0.1026	0.011	0.0015	0.1053	0.0355	0.068	21.2392	62.6037	37.6252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	247 - 390	19 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	247 - 390	19 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	247 - 390	19 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	D	242 - 390	14 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	E	247 - 390	19 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	F	247 - 390	19 - 162
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	G	247 - 388	19 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	I	H	247 - 389	19 - 161
9	X-RAY DIFFRACTION	9	J	I	248 - 390	20 - 162
10	X-RAY DIFFRACTION	10	K	J	247 - 391	19 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	L	K	246 - 390	18 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	M	L	247 - 390	19 - 162

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 66278 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.261 / R_factor R_work: 0.195

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.28

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