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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ri4 | ||||||
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タイトル | Structure and mechanism of mRNA cap (guanine N-7) methyltransferase | ||||||
要素 | mRNA CAPPING ENZYME | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase / rna / cap / m7G / messenger rna cap | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fabrega, C. / Hausmann, S. / Shen, V. / Shuman, S. / Lima, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: Structure and mechanism of mRNA cap (Guanine-n7) methyltransferase 著者: Fabrega, C. / Hausmann, S. / Shen, V. / Shuman, S. / Lima, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ri4.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ri4.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ri4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/1ri4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/1ri4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34823.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 遺伝子: ECU10_0380 / プラスミド: PSUMO-SMT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8SR66 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 1.2M Na/K tartrate, 50mM BIS/TRIS, 20mM DTT, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 10865 / Num. obs: 9398 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 51.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 64.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 124773 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.2 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散, 多重同系置換 解像度: 2.4→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1565132.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7414 Å2 / ksol: 0.358191 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.25 |