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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rh4 | ||||||
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タイトル | RH4 DESIGNED RIGHT-HANDED COILED COIL TETRAMER | ||||||
要素 | RIGHT-HANDED COILED COIL TETRAMER | ||||||
キーワード | COILED COIL / DE NOVO DESIGN | ||||||
機能・相同性 | ISOPROPYL ALCOHOL 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Harbury, P.B. / Plecs, J.J. / Tidor, B. / Alber, T. / Kim, P.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: High-resolution protein design with backbone freedom. 著者: Harbury, P.B. / Plecs, J.J. / Tidor, B. / Alber, T. / Kim, P.S. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: Repacking Protein Cores with Backbone Freedom: Structure Prediction for Coiled Coils 著者: Harbury, P.B. / Tidor, B. / Kim, P.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rh4.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rh4.ent.gz | 11.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rh4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rh4_validation.pdf.gz | 378.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rh4_full_validation.pdf.gz | 378.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rh4_validation.xml.gz | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rh4_validation.cif.gz | 2.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/1rh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/1rh4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3637.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.1 詳細: 100MM TRIS PH 8.1 0.3M NABR 20% 2-PROPANOL 20% POLYETHLENE GLYCOL 1450 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→6 Å / Num. obs: 3175 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.98 Å / % possible all: 58.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 58.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PREDICTED STRUCTURE 解像度: 1.9→6 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.273 |