[日本語] English
万見
- PDB-2o6n: RH4B: designed right-handed coiled coil tetramer with all biologi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6n
タイトルRH4B: designed right-handed coiled coil tetramer with all biological amino acids
要素RH4B designed peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / RIGHT-HANDED / TETRAMER
機能・相同性YTTERBIUM (II) ION
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sales, M. / Alber, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structure of a designed, right-handed coiled-coil tetramer containing all biological amino acids.
著者: Sales, M. / Plecs, J.J. / Holton, J.M. / Alber, T.
履歴
登録2006年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The sequence was computationally designed to optimize the stability and specificity of a ...SEQUENCE The sequence was computationally designed to optimize the stability and specificity of a right-handed coiled- coil tetramer

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RH4B designed peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1212
ポリマ－3,9481
非ポリマー1731
水2,144119
1
A: RH4B designed peptide
ヘテロ分子

A: RH4B designed peptide
ヘテロ分子

A: RH4B designed peptide
ヘテロ分子

A: RH4B designed peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4838
ポリマ－15,7904
非ポリマー6924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.356, 38.356, 49.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-281-

HOH

21A-302-

HOH

31A-304-

HOH

41A-309-

HOH

詳細The biological assembly is the tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the 4 operations: x,y,z; y-1/2,-x+1/2,z; -x,1-y,z; -y+1/2,x+1/2,z.

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド RH4B designed peptide


分子量: 3947.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical peptide synthesis
#2: 化合物 ChemComp-YB2 / YTTERBIUM (II) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 10% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, 0.15M sodium acetate, 10mM ytterbium(II) chloride, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.000,1.2398,1.3858,1.3864
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.23981
31.38581
41.38641
反射解像度: 1→30.36 Å / Num. all: 20717 / Num. obs: 20631 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 21.09
反射 シェル解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.1→30.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.662 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.132 791 5.1 %RANDOM
Rwork0.115 ---
obs0.116 14797 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→30.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数274 0 1 119 394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2982.033419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7293791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.014540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.36229.16712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.1891577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3280.289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2440.273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0790.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1670.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9911.5271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7251.574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0332309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6183153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.684.5110
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.6753775
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.4645121
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.1755648
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 63 -
Rwork0.227 1073 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る