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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ree | |||||||||
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タイトル | ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II COMPLEX WITH 3,4-EPOXYBUTYL-BETA-D-XYLOSIDE | |||||||||
要素 | ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / XYLANASE / XYLAN DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hypocrea jecorina (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Rouvinen, J. / Havukainen, R. / Torronen, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Covalent binding of three epoxyalkyl xylosides to the active site of endo-1,4-xylanase II from Trichoderma reesei. 著者: Havukainen, R. / Torronen, A. / Laitinen, T. / Rouvinen, J. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: Three-Dimensional Structure of Endo-1,4-Beta-Xylanase II from Trichoderma Reesei: Two Conformational States in the Active Site 著者: Torronen, A. / Harkki, A. / Rouvinen, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ree.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ree.ent.gz | 68.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ree.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1ree ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1ree | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9869, -0.018, 0.1602), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20838.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: TRICHODERMA REESEI RUT-C30 / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase #2: 糖 | ChemComp-07E / ( | #3: 化合物 | ChemComp-BEZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Torronen, A., (1993) J. Mol. Biol., 233, 313. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月18日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 35521 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0907 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 84926 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.8 Å / % possible obs: 57.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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