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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1re7 | ||||||
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タイトル | DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH FOLATE | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NADP / TRIMETHOPRIM RESISTANCE / METHOTREXATE RESISTANCE / ONE-CARBON METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sawaya, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Loop and subdomain movements in the mechanism of Escherichia coli dihydrofolate reductase: crystallographic evidence. 著者: Sawaya, M.R. / Kraut, J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Isomorphous Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate, 5-Deazafolate, and 5,10-Dideazatetrahydrofolate: Mechanistic Implications 著者: Reyes, V.M. / Sawaya, M.R. / Brown, K.A. / Kraut, J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Unliganded Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase. Ligand-Induced Conformational Changes and Cooperativity in Binding 著者: Bystroff, C. / Kraut, J. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase: The Nadp+ Holoenzyme and the Folate.Nadp+ Ternary Complex. Substrate Binding and a Model for the Transition State 著者: Bystroff, C. / Oatley, S.J. / Kraut, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1re7.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1re7.ent.gz | 58.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1re7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1re7_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1re7_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1re7_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1re7_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1re7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1re7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dreC 1ra1C 1ra2SC 1ra3C 1ra8C 1ra9C 1rb2C 1rb3C 1rc4C 1rd7C 1rf7C 1rg7C 1rh3C 1rx1C 1rx2C 1rx3C 1rx4C 1rx5C 1rx6C 1rx7C 1rx8C 1rx9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.866, 0.47934, -0.14217), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18020.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: RT500 / プラスミド: PRWA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 9448 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 77 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35221 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RA2 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER / Bsol: 320.9 Å2 / ksol: 0.902 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5-D / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.7 |