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万見
- PDB-1tdr: EXPRESSION, CHARACTERIZATION, AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF TE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tdr
タイトルEXPRESSION, CHARACTERIZATION, AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF TELLUROMETHIONYL DIHYDROFOLATE REDUCTASE
要素TELLUROMETHIONYL DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase ...glycine biosynthetic process / methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / TELLURIUM / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lewinski, K. / Lebioda, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Expression, characterization and crystallographic analysis of telluromethionyl dihydrofolate reductase.
著者: Boles, J.O. / Lewinski, K. / Kunckle, M.G. / Hatada, M. / Lebioda, L. / Dunlap, R.B. / Odom, J.D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Bio-Incorporation of Telluromethionine Into Buried Residues of Dihydrofolate Reductase
著者: Boles, J.O. / Lewinski, K. / Kunkle, M. / Odom, J.D. / Dunlap, R.B. / Lebioda, L. / Hatada, M.
履歴
登録1995年4月13日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TELLUROMETHIONYL DIHYDROFOLATE REDUCTASE
B: TELLUROMETHIONYL DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,57111
ポリマ－36,0412
非ポリマー1,5309
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.000, 93.000, 74.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Atom site foot note1: GLY A 95 - GLY A 96 OMEGA = 359.20 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: GLY B 95 - GLY B 96 OMEGA = 359.75 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TELLUROMETHIONYL DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 18020.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00379, UniProt: P0ABQ4*PLUS, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 349分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 化合物
ChemComp-TE / TELLURIUM / テルル


分子量: 127.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Te
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 %2-propanol1reservoir
220 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
45 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.98 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 1992年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11234 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 48880 / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ収集
PROCORデータ収集
PROLSQ精密化
MADNESデータ削減
PROCORデータ削減
精密化解像度: 2.5→16 Å / σ(F): 0
詳細: ATOM SD OF MET 42 AND ATOM SD OF MET 92 HAVE BEEN PARTIALLY CHEMICALLY SUBSTITUTED BY TELLURIUM. COORDINATES ARE GIVEN FOR BOTH SD AND TE IN THIS ENTRY, WITH PARTIAL OCCUPANCIES. NOTE THAT IT ...詳細: ATOM SD OF MET 42 AND ATOM SD OF MET 92 HAVE BEEN PARTIALLY CHEMICALLY SUBSTITUTED BY TELLURIUM. COORDINATES ARE GIVEN FOR BOTH SD AND TE IN THIS ENTRY, WITH PARTIAL OCCUPANCIES. NOTE THAT IT IS NOT POSSIBLE FOR BOTH SD AND TE TO BE PRESENT SIMULTANEOUSLY IN ONE RESIDUE. ATOMS SD MET 42 AND SD MET 92 ARE PRESENTED AS PART OF RESIDUES 42 AND 92, RESPECTIVELY. THE TELLURIUM ATOMS ARE PRESENTED AS HET GROUPS AT THE END OF THE CHAIN.
Rfactor反射数
obs0.124 10732
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2531 0 73 340 2944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0590.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9281.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5561
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6181.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.6922
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1830.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2220.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2330.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.20.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.124
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.062
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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