+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rcp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CYTOCHROME C' | ||||||
要素 | CYTOCHROME C' | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: High-resolution crystal structures of two polymorphs of cytochrome c' from the purple phototrophic bacterium rhodobacter capsulatus. 著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rcp.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rcp.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rcp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rcp_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1rcp_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1rcp_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rcp_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/1rcp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99999, -0.00113, -0.00433), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13154.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN M110 WAS DERIVED FROM THE WILD TYPE GENETIC STRAIN ST. LOUIS. THE CYTOCHROME C' DIFFERS FROM STRAIN SP7 IN 12 RESIDUES 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: MT110 / 参照: UniProt: P00147 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月22日 |
放射 | モノクロメーター: Y / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 15826 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 20.09 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 61516 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→6 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|