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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rbj | ||||||
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タイトル | RIBONUCLEASE B COMPLEX WITH D(TETRA-(DEOXY-ADENYLATE)) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ko, T.-P. / Williams, R. / McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Structure of a ribonuclease B+d(pA)4 complex. 著者: Ko, T.P. / Williams, R. / McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rbj.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rbj.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rbj_validation.pdf.gz | 369.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rbj_full_validation.pdf.gz | 386.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rbj_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rbj_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/1rbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/1rbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1207.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / Secretion: MILK / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K |
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1984年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 3431 / % possible obs: 69.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 69.5 % / 冗長度: 2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.79 Å / % reflection Rfree: 34.9 % / Num. reflection obs: 160 / Rfactor obs: 0.23 |