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万見
- PDB-1r9u: Refined structure of peptaibol zervamicin IIB in methanol solutio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9u
タイトルRefined structure of peptaibol zervamicin IIB in methanol solution from trans-hydrogen bond J couplings
要素ZERVAMICIN IIB
キーワードANTIBIOTIC / ZREVAMICIN / BIFURCATED HYDROGEN BOND / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL / BENT HELIX
機能・相同性Zervamicin IIB / :
機能・相同性情報
生物種EMERICELLOPSIS SALMOSYNNEMATA (菌類)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMISATION
データ登録者Shenkarev, Z.O. / Balashova, T.A. / Yakimenko, Z.A. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S.
引用
ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2003
タイトル: Biosynthetic Uniform 13C,15N-Labelling of Zervamicin Iib. Complete 13C and 15N NMR Assignment.
著者: Ovchinnikova, T.V. / Shenkarev, Z.O. / Yakimenko, Z.A. / Svishcheva, N.V. / Tagaev, A.A. / Skladnev, D.A. / Arseniev, A.S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2000
タイトル: NMR Structure of the Channel-Former Zervamicin Iib in Isotropic Solvents
著者: Balashova, T.A. / Shenkarev, Z.O. / Tagaev, A.A. / Ovchinnikova, T.V. / Raap, J. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2003年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52018年10月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: cell / chem_comp ...cell / chem_comp / citation / citation_author / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_representative
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZERVAMICIN IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8231
ポリマ－1,8231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 1000STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY,TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ZERVAMICIN IIB


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1823.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ZERVAMICIN IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (天然) EMERICELLOPSIS SALMOSYNNEMATA (菌類) / 株: 336 IMI 58330 / 参照: NOR: NOR01092, Zervamicin IIB
構成要素の詳細ZERVAMICIN IIB IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ZERVAMICIN IIB IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ZERVAMICIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: LONG RANGE 2D-HNCO
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE IS A REFINED STRUCTURE OF PREVIOUS DEPOSITION (1DLZ) ON THE BASIS OF HYDROGEN BOND RESTRAINTS, DETERMINED EXPERIMENTALY. INCLUDING RESTRAINTS FOR OBSERVED BIFURCATED HYDROGEN BOND.

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試料調製

詳細内容: 4MM U-15N-13C ZRV-IIB, METHANOL (CD3OH) PH 6.2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
FANTOM 4.0VON FREYBERG精密化
XWINNMR 2.6構造決定
XEASY X構造決定
DYANA 1.5構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMISATION
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE WAS REFINED USING ADDITIONAL 22/22 (UPPER/LOWER) RESTRAINTS FOR HYDROGEN BONDS. REFINEMENT WAS DONE IN ECEPP/2 FORCE FIELD USING IMPLICIT SOLVENT MODEL
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY,TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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