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- PDB-1joh: THE STRUCTURE OF ANTIAMOEBIN I, A MEMBRANE-ACTIVE PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1joh
タイトルTHE STRUCTURE OF ANTIAMOEBIN I, A MEMBRANE-ACTIVE PEPTIDE
要素ANTIAMOEBIN I
キーワードANTIBIOTIC / ANTIAMOEBIN I / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL
機能・相同性Antiamoebin 1 / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種EMERICELLOPSIS (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Snook, C.F. / Wallace, B.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The Structure and Function of Antiamoebin I, a Proline-Rich Membrane-Active Polypeptide.
著者: Snook, C.F. / Woolley, G.A. / Oliva, G. / Pattabhi, V. / Wood, S.F. / Blundell, T.L. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: The Molecular-Replacement Solution of an Intermediate-Sized Helical Polypeptide, Antiamoebin I.
著者: Snook, C.F. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Thesis, University of London / 年: 1997
タイトル: The Structure and Function of Antiamoebin I, a Membrane-Active Peptide
著者: Snook, C.F.
#3: ジャーナル: Thesis, University of London / 年: 1988
タイトル: Molecular Redundancy and Protein Crystallography : X-Ray Structure Analysis of Antiamoebin I, Bovine Pancreatic Polypeptide and Human Serum Amyloid P Component
著者: Oliva, G.
履歴
登録1997年10月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52020年3月4日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / refine / reflns / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_database_status.process_site ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_database_status.process_site / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.72024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIAMOEBIN I
B: ANTIAMOEBIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,04725
ポリマ－3,3102
非ポリマー73723
水00
1
A: ANTIAMOEBIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,00712
ポリマ－1,6551
非ポリマー35211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ANTIAMOEBIN I
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.04 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,03913
ポリマ－1,6551
非ポリマー38512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.530, 28.820, 9.060
Angle α, β, γ (deg.)88.90, 96.64, 123.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (-1) / ベクター: 115.46)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ANTIAMOEBIN I


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1654.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ANTIAMOEBIN I IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (天然) EMERICELLOPSIS (菌類) / 参照: NOR: NOR00945, Antiamoebin 1
#2: 化合物...
ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
構成要素の詳細ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ANTIAMOEBIN I IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 % / 解説: USED NORMALISED STRUCTURE FACTORS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 170 mg/ml / 一般名: peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: HILGER-WATTS / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1986
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→25 Å / Num. obs: 6715 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.012 / Net I/σ(I): 10.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
SHELXL-93位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RESIDUES 6 - 16 OF LEU1-ZERVAMICIN WITH ALL NON -EQUIVALENT SIDE-CHAINS TRIMMED TO ALA.

解像度: 1.4→25 Å / Num. parameters: 1074 / Num. restraintsaints: 982 / σ(F): 0 / StereochEM target val spec case: HETATM DATA FROM CCSD / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: REFINEMENT STARTED USING 10.0 TO 2.5A AND DATA CUT-OFF AT 2 SIGMA IN X-PLOR. HIGH RESOLUTION LIMIT INCREASED TO 2.0A, LOW RESOLUTION DECREASED TO 25.0A AND DATA CUT-OFF DECREASED TO 0.0 SIGMA ...詳細: REFINEMENT STARTED USING 10.0 TO 2.5A AND DATA CUT-OFF AT 2 SIGMA IN X-PLOR. HIGH RESOLUTION LIMIT INCREASED TO 2.0A, LOW RESOLUTION DECREASED TO 25.0A AND DATA CUT-OFF DECREASED TO 0.0 SIGMA AT 2.0A RESOLUTION. RESOLUTION INCREASED FROM 2.0A TO 1.4A WITH ALL DATA USING SHELXL-93. REFINEMENT CEASED AFTER RESIDUES 1 TO 5 IN B-CHAIN IDENTIFIED AS DISORDERED IN DENSITY.
Rfactor反射数%反射
all0.156 4359 -
obs0.156 4359 95.4 %
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 268
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数238 0 30 0 268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d3.152
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.065
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.156
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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