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- PDB-1r9p: Solution NMR Structure Of The Haemophilus Influenzae Iron-Sulfur ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9p
タイトルSolution NMR Structure Of The Haemophilus Influenzae Iron-Sulfur Cluster Assembly Protein U (IscU) with Zinc Bound at the Active Site. Northeast Structural Genomics Consortium Target IR24.
要素NifU-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / iron-sulfur cluster binding / zinc binding / three conserved Cys / 3beta strands / 4 alpha helixes / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / ISC system FeS cluster assembly, IscU scaffold / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, AUTOMATED ANALYSIS OF NOESY DATA, 3D STRUCTURES
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Xiao, R. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution NMR structure of the iron-sulfur cluster assembly protein U (IscU) with zinc bound at the active site.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Goldsmith-Fischman, S. / Kornhaber, G.J. / Xiao, R. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Honig, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2003年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年9月24日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THIS PROTEIN HAS STOICHIOMETRIC ZINC BOUND. THIS PDB ENTRY IS A MODEL CALCULATED WITH THE ...COMPOUND THIS PROTEIN HAS STOICHIOMETRIC ZINC BOUND. THIS PDB ENTRY IS A MODEL CALCULATED WITH THE ZINC-BINDING CONSTRAINTS OBTAINED BY INDIRECT METHODS. PDB ENTRY 1Q48 IS THE SAME PROTEIN MODELED WITHOUT ZINC-BINDING CONSTRAINTS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NifU-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5522
ポリマ－14,4861
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NifU-like protein / IscU


分子量: 14486.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI0377 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (lamda DE3) pMGK / 参照: UniProt: Q57074
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
1424D 13C-separated NOESY
15313C HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY, AUTOMATED ANALYSIS OF 3D STRUCTURE.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-15N, U-13C IscU in 20 mM MES, 100mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN395% H2O/5% D2O
21 mM U-15N, U-13C IscU in 20 mM MES, 100mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3100% D2O
31 mM U-15N, U-5%-13C IscU in 20 mM MES, 100mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN395% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM MES, 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian UNITYVarianUNITY6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix98MSI (Accelrys)解析
X-PLORXplor-NIH-2.0.6Schwieters, C.D., Kuszewski, J.J., Tjandra, N., Core, G.M.構造決定
Sparky3.98Goddard, T.D., Kneller, D.G.データ解析
XPLORXplor-NIH-2.0.6SCHWIETERS, C.D., KUSZEWSKI, J.J. TJANDRA, N., CLORE, G.M.精密化
AutoStructure1.1.2Huang, Y.J., Montelione, G.T.精密化
TALOS1999.019.15.47データ解析
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, AUTOMATED ANALYSIS OF NOESY DATA, 3D STRUCTURES
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 933 RESTRAINTS. SUMMARY OF EXPERIMENTAL CONSTRAINTS: DISTANCE RESTRAINTS: TOTAL = 800; INTRA-RESIDUE [I=J] = 12; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 260; MEDIUM ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 933 RESTRAINTS. SUMMARY OF EXPERIMENTAL CONSTRAINTS: DISTANCE RESTRAINTS: TOTAL = 800; INTRA-RESIDUE [I=J] = 12; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 260; MEDIUM RANGE [1<(I-J)<5] = 185; LONG RANGE [(I-J)>=5] = 255; HYDROGEN BOND RESTRAINTS = 78 (2 PER H-BOND); ZN RESTRAINTS 10; NUMBER OF DISTANCE RESTRAINTS PER RESIDUE = 8.2; DIHEDRAL-ANGLE RESTRAINTS = 133 (66 PHI, 67 PSI); TOTAL NUMBER OF RESTRAINTS PER RESIDUE = 9.5 (RESIDES 26-123); NUMBER OF LONG RANGE RESTRAINTS PER RESIDUE = 2.6; NUMBER OF STRUCTURES COMPUTED = 25; NUMBER OF STRUCTURES USED = 20. AVERAGE DISTANCE VIOLATIONS >0.0001 ANG = 27.4; AVERAGE R.M.S. DISTANCE VIOLATION = 0.003 ANG; MAXIMUM NUMBER OF DISTANCE VIOLATIONS 33. AVERAGE DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS: >0.0001 DEG = 1.0; MAX NUMBER OF DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS = 3; AVERAGE R.M.S. ANGLE VIOLATION = 0.01 DEG. RMSD VALUES: BACKBONE ATOMS (N,C,C',O, RESIDUES 26-123) = 0.76 ANG; ALL HEAVY ATOMS = 1.19 ANG; PROCHECK (RESDIUES 26-123): MOST FAVORED REGIONS = 78%; ADDITIONAL ALLOWED REGIONS = 18%; GENEROUSLY ALLOWED REGIONS = 3%; DISALLOWED REGIONS = 0%.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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