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- PDB-1r9l: structure analysis of ProX in complex with glycine betaine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9l
タイトルstructure analysis of ProX in complex with glycine betaine
要素Glycine betaine-binding periplasmic protein
キーワードPROTEIN BINDING / periplasmic binding protein / cation-pi interactions / tryptophan box
機能・相同性
機能・相同性情報


ProVWX complex / glycine betaine transport / glycine import across plasma membrane / quaternary ammonium group binding / amino acid import across plasma membrane / hyperosmotic response / cellular response to osmotic stress / amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...ProVWX complex / glycine betaine transport / glycine import across plasma membrane / quaternary ammonium group binding / amino acid import across plasma membrane / hyperosmotic response / cellular response to osmotic stress / amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL GLYCINE / Glycine betaine/proline betaine-binding periplasmic protein / Glycine betaine/proline betaine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Schiefner, A. / Breed, J. / Bosser, L. / Kneip, S. / Gade, J. / Holtmann, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Bremer, E.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2004
タイトル: Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
著者: Schiefner, A. / Breed, J. / Bosser, L. / Kneip, S. / Gade, J. / Holtmann, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Bremer, E.
履歴
登録2003年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine betaine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8793
ポリマ－33,7611
非ポリマー1182
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.430, 53.900, 115.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycine betaine-binding periplasmic protein / periplasmic ligand-binding protein ProX


分子量: 33760.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: proX / プラスミド: pSK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PD141 / 参照: UniProt: P14177, UniProt: P0AFM2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイニウム


分子量: 118.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG 4000, PIPES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8.3 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH8.3
326-28 %(w/v)PEG40001reservoir
450 mMPIPES1reservoirpH6.2-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8439 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8439 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→15 Å / Num. all: 40866 / Num. obs: 40866 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.57→1.67 Å / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 142884 / Rmerge(I) obs: 0.026
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Mean I/σ(I) obs: 18.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
REFMAC5.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.59→12.26 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.186 1969 RANDOM
Rwork0.15 --
all-39378 -
obs-37409 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→12.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 9 429 2827
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 289 -
Rwork0.13 --
obs-2600 100 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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