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万見
- PDB-1r6g: Crystal structure of the thyroid hormone receptor beta ligand bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r6g
タイトルCrystal structure of the thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with a beta selective compound
要素Thyroid hormone receptor beta-1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / alpha helical / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-442 / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hangeland, J.J. / Dejneka, T. / Friends, T.J. / Devasthale, P. / Mellstrom, K. / Sandberg, J. / Grynfarb, M. / Doweyko, A.M. / Sack, J.S. / Einspahr, H. ...Hangeland, J.J. / Dejneka, T. / Friends, T.J. / Devasthale, P. / Mellstrom, K. / Sandberg, J. / Grynfarb, M. / Doweyko, A.M. / Sack, J.S. / Einspahr, H. / Farnegardh, M. / Husman, B. / Ljunggren, J. / Koehler, K. / Sheppard, C. / Malm, J. / Ryono, D.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2004
タイトル: Thyroid receptor ligands. Part 2: Thyromimetics with improved selectivity for the thyroid hormone receptor beta.
著者: Hangeland, J.J. / Doweyko, A.M. / Dejneka, T. / Friends, T.J. / Devasthale, P. / Mellstrom, K. / Sandberg, J. / Grynfarb, M. / Sack, J.S. / Einspahr, H. / Farnegardh, M. / Husman, B. / ...著者: Hangeland, J.J. / Doweyko, A.M. / Dejneka, T. / Friends, T.J. / Devasthale, P. / Mellstrom, K. / Sandberg, J. / Grynfarb, M. / Sack, J.S. / Einspahr, H. / Farnegardh, M. / Husman, B. / Ljunggren, J. / Koehler, K. / Sheppard, C. / Malm, J. / Ryono, D.E.
履歴
登録2003年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8262
ポリマ－29,2731
非ポリマー5531
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.556, 68.556, 129.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta-1


分子量: 29272.922 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB, NR1A2, ERBA2, THR1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-442 / 2-[3,5-DIBROMO-4-(4-HYDROXY-3-{HYDROXY[(2-PHENYLETHYL)AMINO]METHYL}PHENOXY)PHENYL]ETHANE-1,1-DIOL / [3,5-DIBROMO-4-(4-HYDROXY-3-PHENETHYLCARBAMOYL-PHENOXY)-PHENYL]-ACETIC ACID


分子量: 553.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23Br2NO5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Sodium acetate, sodium cacodylate , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8337 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月5日
放射モノクロメーター: null / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8337 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 6953 / Num. obs: 6953 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.07 Å / % possible all: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 26.141 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.582 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34677 315 4.5 %RANDOM
Rwork0.26081 ---
all0.26502 6632 --
obs0.26502 6632 93.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.52 Å22.76 Å20 Å2
2--5.52 Å20 Å2
3----8.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 31 0 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9872651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04134208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4255236
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.22080
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2280.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3211.51195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61321933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.983765
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6034.5718
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.538 16
Rwork0.386 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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