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- PDB-3jzc: Crystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jzc
タイトルCrystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC
要素Thyroid hormone receptor beta
キーワードTRANSCRIPTION / TR / triac / entropy / Deafness / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / type I pneumocyte differentiation / regulation of heart contraction ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / type I pneumocyte differentiation / regulation of heart contraction / retinoic acid receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / sensory perception of sound / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4HY / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nascimento, A.S. / Dias, S.G.M. / Nunes, F.M. / Aparicio, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Gaining ligand selectivity in thyroid hormone receptors via entropy.
著者: Martinez, L. / Nascimento, A.S. / Nunes, F.M. / Phillips, K. / Aparicio, R. / Dias, S.M. / Figueira, A.C. / Lin, J.H. / Nguyen, P. / Apriletti, J.W. / Neves, F.A. / Baxter, J.D. / Webb, P. / ...著者: Martinez, L. / Nascimento, A.S. / Nunes, F.M. / Phillips, K. / Aparicio, R. / Dias, S.M. / Figueira, A.C. / Lin, J.H. / Nguyen, P. / Apriletti, J.W. / Neves, F.A. / Baxter, J.D. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2009年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7242
ポリマ－30,1021
非ポリマー6221
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.781, 68.781, 131.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 2


分子量: 30102.248 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 202-461, Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB, ERBA2, NR1A2, THR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-4HY / [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID / 3,3′,5-トリヨ-ドチロ酢酸


分子量: 621.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9I3O4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6.8
詳細: 100mM Sodium Cacodylate, 1.4M sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35.22 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GWS

3gws


解像度: 2.5→35.219 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 605 4.88 %
Rwork0.1982 --
obs0.2004 12407 95.73 %
all-12960 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.97 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 21 13 1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3082755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.244752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.019352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.75150.28321450.23382764X-RAY DIFFRACTION91
2.7515-3.14940.26631440.22762852X-RAY DIFFRACTION94
3.1494-3.96710.2521480.19143001X-RAY DIFFRACTION98
3.9671-35.22290.22791680.18043185X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.88691.42440.07551.9478-1.71011.79450.233-0.797-0.29050.1931-0.49020.30971.0459-0.4580.12860.4089-0.15580.06970.48920.03350.3093-19.9891-7.0649-36.8439
21.98762.02213.05697.3534-0.20983.8485-0.0936-0.42290.0088-1.5003-0.0194-2.48780.65240.05030.42290.76270.41880.43670.7268-0.06421.1787
35.7164-0.9263-1.59580.51970.27212.1384-0.11460.1593-1.1236-1.185-0.309-0.82150.42580.30060.53590.69080.1060.32810.3089-0.02420.4331
41.75391.11380.83921.92081.01212.72830.011-0.2648-0.0601-0.5539-0.2451-0.2310.2541-0.2690.12910.4488-0.0536-0.05590.2129-0.08340.2513
50.8363-0.4254-0.46131.59940.2483.3246-0.1065-0.037-0.072-0.1991-0.1025-0.42520.42970.50630.24460.24730.0890.06610.25170.01750.3788
6-3.8252-0.52574.8542.60841.16877.3453-0.2798-0.21850.8028-0.7952-0.07850.5521-0.2998-1.21090.46120.25640.0125-0.06110.3683-0.0810.4906
71.81610.9841.40392.79880.26562.98940.2282-0.42590.07690.3327-0.26340.36380.1066-0.57520.13090.2563-0.03430.04910.3236-0.06270.2814
83.97693.1326-1.72575.2814-4.4312-0.8628-0.76470.76150.3628-1.85110.4826-0.31160.6475-0.19980.2120.6311-0.1085-0.01840.2510.08830.2367
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND RESID 433:460)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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