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- PDB-1r63: STRUCTURAL ROLE OF A BURIED SALT BRIDGE IN THE 434 REPRESSOR DNA-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r63
タイトルSTRUCTURAL ROLE OF A BURIED SALT BRIDGE IN THE 434 REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES
要素REPRESSOR PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE 434
キーワードGENE REGULATING PROTEIN / PHAGE 434 REPRESSOR / HELIX-TURN-HELIX / DNA-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Repressor protein CI
類似検索 - 構成要素
生物種Phage 434 (ファージ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY WITH DIANA, ENERGY MINIMIZATION WITH OPAL
データ登録者Pervushin, K.V. / Billeter, M. / Siegal, G. / Wuthrich, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structural role of a buried salt bridge in the 434 repressor DNA-binding domain.
著者: Pervushin, K. / Billeter, M. / Siegal, G. / Wuthrich, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Determination of the Nuclear Magnetic Resonance Solution Structure of the DNA-Binding Domain (Residues 1 to 69) of the 434 Repressor and Comparison with the X-Ray Crystal Structure
著者: Neri, D. / Billeter, M. / Wuthrich, K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure of the Amino-Terminal Domain of Phage 434 Repressor at 2.0 A Resolution
著者: Mondragon, A. / Subbiah, S. / Almo, S.C. / Drottar, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録1996年11月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REPRESSOR PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE 434


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9011
ポリマ－6,9011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20DIANA PENALTY FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 REPRESSOR PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE 434


分子量: 6900.871 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1 - 63 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 434 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage lambda / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16117

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-RESOLVED NOESY
121HOMONUCLEAR NOESY
131E.COSY

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試料調製

試料状態pH: 4.8 / 温度: 286 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
OPALLUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER,WUTHRICH精密化
BRUKER UXNMRUXNMR構造決定
PROSA構造決定
DIANA構造決定
OPAL構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY WITH DIANA, ENERGY MINIMIZATION WITH OPAL
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: DIANA PENALTY FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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