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- PDB-1r4x: Crystal Structure Analys of the Gamma-COPI Appendage domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4x
タイトルCrystal Structure Analys of the Gamma-COPI Appendage domain
要素Coatomer gamma subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Appendage / Beta Sandwich / COATOMER / ADP-RIBOSYLATION FACTORS
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / organelle transport along microtubule / establishment of Golgi localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle ...COPI vesicle coat / organelle transport along microtubule / establishment of Golgi localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coatomer, gamma subunit, appendage domain / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / TATA-Binding Protein / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal ...Coatomer, gamma subunit, appendage domain / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / TATA-Binding Protein / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Watson, P.J. / Frigerio, G. / Collins, B.M. / Duden, R. / Owen, D.J.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2004
タイトル: Gamma-COP appendage domain - structure and function
著者: Watson, P.J. / Frigerio, G. / Collins, B.M. / Duden, R. / Owen, D.J.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2492
ポリマ－31,2251
非ポリマー241
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.8, 74.1, 99.2
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coatomer gamma subunit / gamma1-COP / coatomer protein complex / subunit gamma 1 / coat protein gamma-cop / Gamma-coat ...gamma1-COP / coatomer protein complex / subunit gamma 1 / coat protein gamma-cop / Gamma-coat protein / Gamma-COP / coat protein gamma-cop


分子量: 31225.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS / 参照: UniProt: Q9Y678
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Magnesium Acetate, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 299K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mMdithiothreitol1drop
210-15 mg/mlprotein1drop
30.2 Mmagnesium acetate1reservoir
40.1 Mcacodylate1reservoirpH6.5
520 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911.91
シンクロトロンSRS PX14.220.9796
検出器
ID検出器日付
1CCD2001年6月15日
2CCD2002年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.911
20.97961
反射解像度: 1.9→59 Å / Num. obs: 29073 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 19.9 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 3336 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.565 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 6.7 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20806 1426 5.1 %RANDOM
Rwork0.17274 ---
obs0.17454 26664 96.74 %-
all-26664 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2176 0 1 254 2431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212223
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9553025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84634613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6755273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2570.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21290
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0760.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0151.51372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96622245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1153851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2054.5780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 83
Rwork0.183 1486
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.208 / Rfactor Rwork: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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