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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r4u | ||||||
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タイトル | URATE OXIDASE FROM ASPERGILLUS FLAVUS COMPLEXED WITH ITS INHIBITOR OXONIC ACID | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / URIC ACID DEGRADATION / DIMERIC BARREL / TUNNEL-SHAPED PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Prange, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Complexed and ligand-free high-resolution structures of urate oxidase (Uox) from Aspergillus flavus: a reassignment of the active-site binding mode. 著者: Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El-Hajji, M. / Mornon, J.P. / Monard, G. / Prange, T. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of the Protein Drug Urate Oxidase-Inhibitor Complex at 2.05 A Resolution 著者: Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Bachet, B. / L'Hermite, G. / Schiltz, M. / Prange, T. / Castro, B. / Mornon, J.-P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r4u.cif.gz | 77.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r4u.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r4u_validation.pdf.gz | 440.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r4u_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r4u_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r4u_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r4u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34199.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus flavus (カビ) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-OXC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8.5MG/ML PROTEIN, 0.2MG/ML OXONIC ACID, 5-7% W/V PEG 8000, 100MM TRIS/HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 / 波長: 0.972 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 48706 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1UOX 1uox 解像度: 1.65→20 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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