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- PDB-1r4c: N-Truncated Human Cystatin C; Dimeric Form With 3D Domain Swapping -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4c
タイトルN-Truncated Human Cystatin C; Dimeric Form With 3D Domain Swapping
要素Cystatin C
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / HUMAN CYSTATIN C / N-TRUNCATION / 3D DOMAIN SWAPPING / AMYLOID FORMATION / INHIBITOR OF C1 AND C13 CYSTEINE PROTEASES / AMYLOID ANGIOPATHY AND CEREBRAL HEMORRHAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / defense response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / tertiary granule lumen / amyloid-beta binding / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Janowski, R. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Domain swapping in N-truncated human cystatin C.
著者: Janowski, R. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Human cystatin C, an amyloidogenic protein, dimerizes through three-dimensional domain swapping
著者: Janowski, R. / Kozak, M. / Jankowska, E. / Grzonka, Z. / Grubb, A. / Abrahamson, M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Expression of a selenomethionyl derivative and preliminary crystallographic studies of human cystatin C
著者: Kozak, M. / Jankowska, E. / Janowski, R. / Grzonka, Z. / Grubb, A. / Alvarez Fernandez, M. / Abrahamson, M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: NMR structural studies of human cystatin C dimers and monomers
著者: Ekiel, I. / Abrahamson, M. / Fulton, D.B. / Lindahl, P. / Storer, A.C. / Levadoux, W. / Lafrance, M. / Labelle, S. / Pomerleau, Y. / Groleau, D. / LeSauteur, L. / Gehring, K.
履歴
登録2003年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cystatin C
B: Cystatin C
C: Cystatin C
D: Cystatin C
E: Cystatin C
F: Cystatin C
G: Cystatin C
H: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7518
ポリマ－98,7518
非ポリマー00
水3,693205
1
A: Cystatin C
B: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6882
ポリマ－24,6882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
2
C: Cystatin C
D: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6882
ポリマ－24,6882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
3
E: Cystatin C
F: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6882
ポリマ－24,6882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
4
G: Cystatin C
H: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6882
ポリマ－24,6882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
5
A: Cystatin C
B: Cystatin C
C: Cystatin C
D: Cystatin C

A: Cystatin C
B: Cystatin C
C: Cystatin C
D: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7518
ポリマ－98,7518
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area38700 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area40600 Å2
手法PISA
6
E: Cystatin C
F: Cystatin C
G: Cystatin C
H: Cystatin C

E: Cystatin C
F: Cystatin C
G: Cystatin C
H: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7518
ポリマ－98,7518
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area38250 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area40970 Å2
手法PISA
7
A: Cystatin C
B: Cystatin C

E: Cystatin C
F: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3764
ポリマ－49,3764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
8
C: Cystatin C
D: Cystatin C

G: Cystatin C
H: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3764
ポリマ－49,3764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.147, 99.639, 206.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE EIGHT POLYPEPTIDE CHAINS ARE ASSEMBLED INTO 3D DOMAIN SWAPPED DIMERS IN THE FOLLOWING WAY: AB, CB, EF, GH

-
要素

#1: タンパク質
Cystatin C / Neuroendocrine basic polypeptide / Gamma-trace / Post-gamma-globulin


分子量: 12343.925 Da / 分子数: 8 / 断片: human cystatin C without 10 N-terminal residues / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CST3 / プラスミド: PHD 313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P01034
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 0.4M (NH4)H2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, pH 8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.104
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月24日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.104 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→25 Å / Num. obs: 52404 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN CYSTATIN C DIMER WITH SWAPPED DOMAINS (PDB ENTRY 1G96)

1g96


解像度: 2.18→10 Å / SU B: 8.514 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE REFINEMENT INCLUDED TLS PARAMETERS, HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIGID POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2632 5.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 51566 99.5 %-
all-51566 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----0.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21933 Å0.28385 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6912 0 0 205 7117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0964.5
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.802-0.58470.26590.6842-0.14550.4648-0.0252-0.0116-0.0307-0.02990.09710.0073-0.0362-0.0060.00670.0781-0.0010.0320.0778-0.02120.09183.813412.338812.7846
20.4035-0.30010.4550.53030.0220.7526-0.0740.08180.03670.07140.117-0.0601-0.05710.00940.00610.05340.00390.03760.0962-0.01110.08827.73998.514315.3265
31.2607-0.7461-0.62870.44790.38580.9341-0.06150.0017-0.0086-0.0143-0.0005-0.0020.04160.0527-0.06070.1136-0.01490.01230.05810.00750.0957.7762-15.52138.5673
41.3179-0.4522-0.7610.57650.13380.8333-0.04720.013-0.08220.0352-0.04460.02690.01260.0183-0.03930.074-0.0333-0.02910.07390.00620.05513.7328-12.667112.2501
51.30470.5938-0.4690.9080.15030.7212-0.0815-0.09250.0007-0.10120.0525-0.0422-0.0020.04160.09470.06620.0408-0.0560.08530.00770.076952.574-10.88437.7577
60.51690.50640.330.63110.42340.5723-0.0491-0.0303-0.0477-0.02560.02710.0255-0.0750.04720.05760.08780.0147-0.00290.09160.02230.099151.64614.88641.2682
70.7799-0.2563-0.25630.4005-0.07630.7171-0.03410.00540.0320.03850.04320.01410.0530.01940.02830.08340.046-0.02090.0713-0.00170.120548.401-14.44640.6937
80.59520.34920.45730.56760.29840.4859-0.0422-0.0112-0.0519-0.0496-0.00870.0067-0.02350.05190.05190.08480.01150.02290.11240.01960.097349.09911.31137.3525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 1201 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 1201 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3CC11 - 1201 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4DD11 - 1201 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5EE11 - 1201 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6FF11 - 1201 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7GG11 - 1201 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8HH11 - 1201 - 110

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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