PDB-1r3v: Uroporphyrinogen Decarboxylase single mutant D86E in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r3v

タイトル

Uroporphyrinogen Decarboxylase single mutant D86E in complex with coproporphyrinogen-I

要素

Uroporphyrinogen Decarboxylase

キーワード

LYASE / uroporphyrinogen decarboxylase coproporphyrinogen / X-ray crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for tetrapyrrole coordination by uroporphyrinogen decarboxylase
著者: Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.

履歴

登録	2003年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2014年3月12日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r3v.cif.gz	96.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r3v.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r3qC 1r3rC 1r3sC 1r3tC 1r3wC 1r3yC 1uroS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r3s-1 1r3q-1 1r3w-1 1r3t-1 4ybq-1 1ji3-d 1rff-d 1rh0-d 6hqw-d 4zb4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen Decarboxylase

ヘテロ分子

41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uroporphyrinogen Decarboxylase

ヘテロ分子

A: Uroporphyrinogen Decarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.111, 103.111, 73.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Cell setting	trigonal
Space group name H-M	P3₁21

詳細

URO-D is a dimer in solution and in the crystal. The dimer is formed by the 2-fold crystallographic rotation.

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen Decarboxylase / E.C.4.1.1.37 / URO-D / UPD 分子量: 40845.793 Da / 分子数: 1 / 変異: D86E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06132, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-1CP / COPROPORPHYRINOGEN I / コプロポルフィリノ-ゲンI 分子量: 660.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₄N₄O₈
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.4 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: PBG and PBG-D were added to the protein solution in an anaerobic chamber. URO-D was active under these conditions, converting uro'gen-I to cop'gen-I. 1.5 M citrate, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 294K

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Phillips, J.D., (1997) Protein Sci., 6, 1343.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	6 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris	1	drop	pH7.5
3	10 %	glycerol	1	drop
4	1 mM	beta-mercaptoethanol	1	drop
5	16 %	MPD	1	reservoir
6	0.1	MES	1	reservoir	pH6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 35021 / Num. obs: 35021 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.134 / R_sym value: 0.134 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.399 / % possible all: 95
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all*: 218142
反射シェル	PLUS % possible obs*: 95.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1URO

1uro

解像度: 1.9→19.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.558 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1869	1403	4 %	RANDOM
R_work	0.15052	-	-	-
all	0.15203	35021	-	-
obs	0.15203	33590	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	-0.28 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2803	0	52	387	3242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.977	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.515	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.351	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.994	1.5	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.769	2	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.873	3	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.745	4.5	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.003 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.281	176
R_work	0.218	4716

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.187 / R_factor R_work: 0.151

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.63

LS精密化シェル

*PLUS

最低解像度: 2 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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