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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r3m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease | ||||||
要素 | Ribonuclease, seminal | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RIBONUCLEASE / SWAPPING / HINGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Berisio, R. / Sica, F. / De Lorenzo, C. / Di Fiore, A. / Piccoli, R. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease 著者: Berisio, R. / Sica, F. / De Lorenzo, C. / Di Fiore, A. / Piccoli, R. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION 著者: Mazzarella, L. / CAPASSO, S. / DE MASI, D. / DI LORENZO, G. / MATTIA, C.A. / ZAGARI, A. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: THE UNSWAPPED CHAIN OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FREE AND LIGANDED MONOMERIC DERIVATIVE 著者: SICA, F. / DI FIORE, A. / ZAGARI, A. / MAZZARELLA, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r3m.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r3m.ent.gz | 44.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r3m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r3m_validation.pdf.gz | 387.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r3m_full_validation.pdf.gz | 392.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r3m_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r3m_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bsrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: SEMINAL FLUID / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.4 詳細: MPD, ammonium sulfate, pH 8.4, EVAPORATION, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月5日 |
放射 | モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 13585 / Num. obs: 13585 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 29.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 15.1 / Num. unique all: 2000 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BSR 解像度: 2.2→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |