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- PDB-1r3m: Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r3m
タイトルCrystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease
要素Ribonuclease, seminal
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / SWAPPING / HINGE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Berisio, R. / Sica, F. / De Lorenzo, C. / Di Fiore, A. / Piccoli, R. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease
著者: Berisio, R. / Sica, F. / De Lorenzo, C. / Di Fiore, A. / Piccoli, R. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION
著者: Mazzarella, L. / CAPASSO, S. / DE MASI, D. / DI LORENZO, G. / MATTIA, C.A. / ZAGARI, A.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: THE UNSWAPPED CHAIN OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FREE AND LIGANDED MONOMERIC DERIVATIVE
著者: SICA, F. / DI FIORE, A. / ZAGARI, A. / MAZZARELLA, L.
履歴
登録2003年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease, seminal
B: Ribonuclease, seminal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4554
ポリマ－27,2652
非ポリマー1902
水1,820101
1
A: Ribonuclease, seminal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,6331
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease, seminal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,6331
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.480, 57.550, 53.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease, seminal / Seminal RNase / S-RNase / Ribonuclease BS-1


分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: SEMINAL FLUID / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.4
詳細: MPD, ammonium sulfate, pH 8.4, EVAPORATION, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
228 %(v/v)MPD1reservoir
350 mMTris-HCl1reservoirpH8.4
40.1 Mammonium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月5日
放射モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 13585 / Num. obs: 13585 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 15.1 / Num. unique all: 2000 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR98.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BSR

1bsr


解像度: 2.2→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1975 -RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.223 13585 --
obs0.221 13571 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 10 101 1969
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.35 167
Rwork0.31 -
obs-1460
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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