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万見
- PDB-1r3e: Crystal Structure of tRNA Pseudouridine Synthase TruB and Its RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r3e
タイトルCrystal Structure of tRNA Pseudouridine Synthase TruB and Its RNA Complex: RNA-protein Recognition Through a Combination of Rigid Docking and Induced Fit
要素
  • 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'
  • tRNA pseudouridine synthase B
キーワードLYASE/RNA / RNA modification / pseudouridylation / LYASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / RNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Pseudouridine synthase / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 ...tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Pseudouridine synthase / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pan, H. / Agarwalla, S. / Moustakas, D.T. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of tRNA Pseudouridine Synthase TruB and Its RNA Complex: RNA Recognition Through a Combination of Rigid Docking and Induced Fit
著者: Pan, H. / Agarwalla, S. / Moustakas, D.T. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2003年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42018年2月7日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_validate_close_contact
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'
E: 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'
A: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6934
ポリマ－51,6934
非ポリマー00
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.862, 159.337, 44.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-386-

HOH

21A-494-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 5416.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 5380.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase B / EC 4.2.1.70 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase


分子量: 35516.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TRUB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9WZW0, pseudouridylate synthase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, magnesium sulfate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2magnesium sulfate11
3sodium cacodylate11
4H2O11
5ammonium sulfate12
6magnesium sulfate12
7sodium cacodylate12
8H2O12
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
32 mMEDTA1drop
42 mMdithiothreitol1drop
51.9 M1reservoir
65 mM1reservoirMgCl2
7100 mM1reservoirpH6.5
81

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9730, 0.9796, 0.9800, 1.1271
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9731
20.97961
30.981
41.12711
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 39270 / Num. obs: 38642 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 525236
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 45.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→15 Å / σ(F): 2.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1159 -RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 38642 98.4 %-
all-39270 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 1067 0 263 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 34732
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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