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- PDB-1r37: Alcohol dehydrogenase from sulfolobus solfataricus complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r37
タイトルAlcohol dehydrogenase from sulfolobus solfataricus complexed with NAD(H) and 2-ethoxyethanol
要素NAD-dependent alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / archaeon / zinc / NAD(H) dependent / holoform
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Esposito, L. / Bruno, I. / Sica, F. / Raia, C.A. / Giordano, A. / Rossi, M. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a ternary complex of the alcohol dehydrogenase from Sulfolobus solfataricus
著者: Esposito, L. / Bruno, I. / Sica, F. / Raia, C.A. / Giordano, A. / Rossi, M. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus at 1.85 A resolution
著者: Esposito, L. / Sica, F. / Raia, C.A. / Giordano, A. / Rossi, M. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003
タイトル: Structural study of a single-point mutant of Sulfolobus solfataricus alcohol dehydrogenase with enhanced activity
著者: Esposito, L. / Bruno, I. / Sica, F. / Raia, C.A. / Giordano, A. / Rossi, M. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
履歴
登録2003年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent alcohol dehydrogenase
B: NAD-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,00010
ポリマ－75,2312
非ポリマー1,7698
水3,675204
1
A: NAD-dependent alcohol dehydrogenase
B: NAD-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD-dependent alcohol dehydrogenase
B: NAD-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,00020
ポリマ－150,4624
非ポリマー3,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)131.064, 83.014, 68.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: -x+1, y, -z+1

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent alcohol dehydrogenase


分子量: 37615.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOLO-ENZYME FORM / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: ADH or SSO2536 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P39462, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 40%(V/V) 2-ethoxyethanol, 100MM NA/K phosphate, 200MM NACL, 2MM NAD+(NADH), pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlprotein1drop
22 mMNAD+1drop
310 mM2,2,2-trifluoroethanol1drop
4100 mMsodium/pootassium phosphate1reservoirpH6.2
5200 mM1reservoirNaCl
640 %(v/v)2-ethoxyethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 29287 / Num. obs: 29287 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 1962 / % possible all: 60.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 70105
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 60.8 % / Mean I/σ(I) obs: 8.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JVB

1jvb


解像度: 2.3→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: This C2 crystal displays non-merohedral twinning. the two reciprocal lattices are related by a 180 degree rotation about the A axis. Spots from the dominant lattice (~70%) were indexed and ...詳細: This C2 crystal displays non-merohedral twinning. the two reciprocal lattices are related by a 180 degree rotation about the A axis. Spots from the dominant lattice (~70%) were indexed and reduced; this dataset was used for the structure refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1521 5.2 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.195 29220 --
obs-29131 89.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.14 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.72 Å20 Å21.18 Å2
2---5.11 Å20 Å2
3---10.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5276 0 104 204 5584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 110 5.8 %
Rwork0.183 1849 -
obs-1937 61 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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