PDB-1r2r: CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r2r

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM / Closed loop conformation in the ligand-free state / Conformational heterogeneity / Tim-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / ubiquitin protein ligase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Aparicio, R. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Closed conformation of the active site loop of rabbit muscle triosephosphate isomerase in the absence of substrate: evidence of conformational heterogeneity.
著者: Aparicio, R. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2003年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r2r.cif.gz	227.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r2r.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r2r_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r2r_full_validation.pdf.gz	494.1 KB	表示
XML形式データ	1r2r_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	1r2r_validation.cif.gz	74.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r2sC 1r2tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6up8-d 1r2t-d 1tpc-d 1sq7-d 7tim-d 2jk2-d 6oog-1 2i9e-1 4zvj-d 3th6-d 1sw0-d 4nvt-2 4obt-d 1sw7-d 6upf-d 1wob-1 1tpu-d 6nlh-3 1su5-d 3pvf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.550, 75.952, 166.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	LYS	LYS	2	A	A	213 - 218	213 - 218
2	1	1	THR	THR	LYS	LYS	2	B	B	213 - 218	213 - 218
3	1	1	THR	THR	LYS	LYS	2	C	C	213 - 218	213 - 218
4	1	1	THR	THR	LYS	LYS	2	D	D	213 - 218	213 - 218
5	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	2	A	A	220 - 227	220 - 227
6	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	2	B	B	220 - 227	220 - 227
7	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	2	C	C	220 - 227	220 - 227
8	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	2	D	D	220 - 227	220 - 227
1	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	5	A	A	219	219
2	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	5	B	B	219	219
3	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	5	C	C	219	219
4	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	5	D	D	219	219
1	1	3	ARG	ARG	GLY	GLY	2	A	A	4 - 10	4 - 10
2	1	3	ARG	ARG	GLY	GLY	2	B	B	4 - 10	4 - 10
3	1	3	ARG	ARG	GLY	GLY	2	C	C	4 - 10	4 - 10
4	1	3	ARG	ARG	GLY	GLY	2	D	D	4 - 10	4 - 10
1	1	4	GLY	GLY	THR	THR	3	B	B	137 - 139	137 - 139
2	1	4	GLY	GLY	THR	THR	3	D	D	137 - 139	137 - 139

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The asymmetric unit contains two physiologically active dimers formed by chains {A,B} and {C,D}

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM 分子量: 26658.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P00939, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, DMSO, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	24 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
2	0.2 M		1	reservoir	MgCl2
3	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5
4	1.1 M	DMSO	1	reservoir
5	10 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月20日 / 詳細: Toroidal Zerodur mirror
放射	モノクロメーター: [111] Diamond crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→33 Å / Num. all: 152459 / Num. obs: 135276 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.81 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.34
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 2.06 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 6005 / % possible all: 65.8
反射	PLUS 最低解像度: 32.79 Å / R_merge(I) obs*: 0.067

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A partially refined dimer of rabbit muscle TIM structure (crystal form B)

解像度: 1.5→32.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.42 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18954	6747	5 %	RANDOM
R_work	0.15942	-	-	-
all	0.16091	-	-	-
obs	0.16091	127887	89.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→32.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7469	0	93	1151	8713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	7745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.957	10494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	3	16641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	983
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	8199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.264	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.764	1.5	4920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.341	2	7928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.074	3	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.426	4.5	2561

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	82	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	82	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	82	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	82	tight positional	0.05	0.05
3	1	A	40	tight positional	0.03	0.05
3	2	B	40	tight positional	0.03	0.05
3	3	C	40	tight positional	0.05	0.05
3	4	D	40	tight positional	0.03	0.05
4	1	B	17	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	94	medium positional	0.14	0.5
1	2	B	94	medium positional	0.15	0.5
1	3	C	94	medium positional	0.1	0.5
1	4	D	94	medium positional	0.1	0.5
2	1	A	6	medium positional	0.02	0.5
2	2	B	6	medium positional	0.07	0.5
2	3	C	6	medium positional	0.02	0.5
2	4	D	6	medium positional	0.03	0.5
3	1	A	73	medium positional	0.09	0.5
3	2	B	73	medium positional	0.11	0.5
3	3	C	73	medium positional	0.1	0.5
3	4	D	73	medium positional	0.08	0.5
2	1	A	9	loose positional	0.63	5
2	2	B	9	loose positional	1.86	5
2	3	C	9	loose positional	0.61	5
2	4	D	9	loose positional	0.65	5
4	1	B	22	loose positional	0.07	5
1	1	A	82	tight thermal	0.19	0.5
1	2	B	82	tight thermal	0.19	0.5
1	3	C	82	tight thermal	0.13	0.5
1	4	D	82	tight thermal	0.2	0.5
3	1	A	40	tight thermal	0.14	0.5
3	2	B	40	tight thermal	0.14	0.5
3	3	C	40	tight thermal	0.14	0.5
3	4	D	40	tight thermal	0.14	0.5
4	1	B	17	tight thermal	0.32	0.5
1	1	A	94	medium thermal	0.47	2
1	2	B	94	medium thermal	0.39	2
1	3	C	94	medium thermal	0.52	2
1	4	D	94	medium thermal	0.54	2
2	1	A	6	medium thermal	0.24	2
2	2	B	6	medium thermal	0.77	2
2	3	C	6	medium thermal	0.16	2
2	4	D	6	medium thermal	0.69	2
3	1	A	73	medium thermal	0.49	2
3	2	B	73	medium thermal	0.45	2
3	3	C	73	medium thermal	0.36	2
3	4	D	73	medium thermal	0.44	2
2	1	A	9	loose thermal	0.29	10
2	2	B	9	loose thermal	0.47	10
2	3	C	9	loose thermal	0.79	10
2	4	D	9	loose thermal	0.85	10
4	1	B	22	loose thermal	0.61	10

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.254	388
R_work	0.224	7502

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5501	0.1914	-0.1999	1.0004	-0.0303	0.5012	-0.0229	0.0069	-0.1086	0.0194	-0.0126	-0.01	0.097	0.0407	0.0355	0.0737	0.0005	0.0235	0.0664	-0.0013	0.0386	14.3163	4.1275	34.0504
2	0.589	0.2161	-0.2311	1.1137	-0.7038	1.2346	0.1282	-0.0528	0.14	0.2251	-0.083	0.0658	-0.2995	0.1815	-0.0452	0.116	-0.0563	0.0426	0.0741	-0.0275	0.0438	21.2097	37.5952	31.631
3	0.524	0.3185	0.0841	1.218	-0.017	0.2898	-0.0303	0.0312	0.097	-0.0872	0.0501	0.1582	-0.0231	-0.0157	-0.0199	0.0079	-0.0058	-0.0064	0.0427	0.0251	0.0513	16.3125	59.5057	-6.9678
4	0.5164	0.1596	-0.0853	1.013	-0.1579	0.2481	-0.0391	0.029	-0.0709	-0.1584	0.051	0.0829	0.0596	0.0023	-0.0119	0.0299	-0.0085	-0.0043	0.0376	-0.0081	0.0517	13.267	25.2639	-5.2322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 248	3 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 248	2 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 248	2 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 248	2 - 248

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.1609 / R_factor R_free: 0.1895 / R_factor R_work: 0.1594

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.393

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.52 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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