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万見
- PDB-1r2p: Solution structure of domain 5 from the ai5(gamma) group II intron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r2p
タイトルSolution structure of domain 5 from the ai5(gamma) group II intron
要素34-MER
キーワードRNA / RNA HAIRPIN / TETRALOOP / BULGE / METAL ION / MAGNESIUM
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS CARTESIAN SPACE SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS
データ登録者Sigel, R.K.O. / Sashital, D.G. / Abramovitz, D.L. / Palmer III, A.G. / Butcher, S.E. / Pyle, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of domain 5 of a group II intron ribozyme reveals a new RNA motif.
著者: Sigel, R.K. / Sashital, D.G. / Abramovitz, D.L. / Palmer, A.G. / Butcher, S.E. / Pyle, A.M.
履歴
登録2003年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 34-MER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9711
ポリマ－10,9711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 34-MER


分子量: 10970.567 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 5 OF THE AI5(GAMMA) GROUP II INTRON / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN Saccharomyces CEREVISIAE (Baker's yeast) AND WAS SYNTHESIZED IN VITRO USING T7 RNA POLYMERASE AND SYNTHETIC DNA OLIGONUCLEOTIDES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
3222D NOESY
4322D NOESY
2443D 13C-separated NOESY
2542D 1H-13C HSQC
2622D 1H-1H TOCSY
2743D 1H-13C-1H (H)CCH TOCSY
2843D 1H-13C-1H (H)CCH COSY
2932D 2JHN HNN-COSY
NMR実験の詳細Text: RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS WERE MEASURED USING 1H-13C HSQC COUPLED IN EITHER THE PROTON OR THE CARBON DIMENSION

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 - 0.7 mM D5 RNA; 0 - 200mM KCl, 0 - 20 mM MgCl2, 0.01 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 - 0.7 mM D5 RNA; 0 - 200mM KCl, 0 - 20 mM MgCl2, 0.01 mM EDTA, 99.999% D2O99.999% D2O
30.5 - 0.7 mM D5 RNA, 13C-15N LABELED; 100mM KCl, 0.01 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 - 0.7 mM D5 RNA, 13C-15N LABELED; 100mM KCl, 0.01 mM EDTA, 99.999% D2O99.999% D2O
50.5 - 0.7 mM D5 RNA, 13C-15N LABELED; 100mM KCl, 0.01 mM EDTA, 17 mg/mL Pf1 FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
1100mM KCl 6.5278 K
2100mM KCl 6.5298 K
3100mM KCl 6.5308 K
4100mM KCl 6.5291 K
5100mM KCl 6.5303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DMXBrukerDMX5002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger et. al.構造決定
DYANAGuntert, Mumenthaler, Wuthrichデータ解析
Sparky3Goddard and Knellerデータ解析
XwinNMR2.6Bruker解析
CNS1.1Brunger et. al.精密化
精密化手法: TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS CARTESIAN SPACE SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES BASED ON 678 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 261 DIHEDRAL RESTRAINTS, 72 HYDROGEN BOND RESTRAINTS, AND 24 RESIDUAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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