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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r1m | ||||||
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タイトル | Structure of the OmpA-like domain of RmpM from Neisseria meningitidis | ||||||
![]() | Outer membrane protein class 4 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grizot, S. / Buchanan, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the OmpA-like domain of RmpM from Neisseria meningitidis 著者: Grizot, S. / Buchanan, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18333.705 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RMPM / プラスミド: pET-20b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 % |
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結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1000, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 13605 / Num. obs: 13591 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 1361 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
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