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万見
- PDB-1r03: crystal structure of a human mitochondrial ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r03
タイトルcrystal structure of a human mitochondrial ferritin
要素mitochondrial ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / iron storage / ferritin / x-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport ...positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like ...Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Corsi, B. / Santambrogio, P. / Arosio, P. / Levi, S. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B. / Chevallier, J.M. / Precigoux, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Properties of the Human Mitochondrial Ferritin and its Mutant Ser144Ala
著者: Langlois d'Estaintot, B. / Santambrogio, P. / Granier, T. / Gallois, B. / Chevallier, J.M. / Precigoux, G. / Levi, S. / Arosio, P.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: A human mitochondrial ferritin encoded by an intronless gene
著者: Levi, S. / Corsi, B. / Bosisio, M. / Invernizzi, R. / Volz, A. / Sanford, D. / Arosio, P. / Drysdale, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Comparison of the three-dimensional structures of recombinant human H and horse L ferritins at high resolution ferritins at high resolution
著者: Hempstead, P.D. / Yewdall, S.J. / Alistair, R. / Lawson, D.M. / Artymiuk, P.J. / Rice, D.W. / Ford, G.C. / Harrison, P.M.
履歴
登録2003年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mitochondrial ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0986
ポリマ－20,9761
非ポリマー1225
水3,783210
1
A: mitochondrial ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)506,349144
ポリマ－503,43324
非ポリマー2,917120
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area99520 Å2
ΔGint-1077 kcal/mol
Surface area129000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)181.410, 181.410, 181.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Cell settingcubic
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21A-306-

MG

31A-516-

HOH

41A-579-

HOH

51A-638-

HOH

詳細coordinates for a complete multimer representing the known biologically significant oligomerization state of the molecule can be generated by applying the the symmetry operations: -x,-y,z; -x,y,-z; x,-y,-z; z,x,y; z,-x,-y; -z,-x,y; -z,x,-y; y,z,x; -y,z,-x; y,-z,-x; -y,-z,x; y,x,-z; -y,-x,-z; y,-x,z; -y,x,z; x,z,-y; -x,z,y; -x,-z,-y; x,-z,y; z,y,-x; z,-y,x; -z,y,x; -z,-y,-x;

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要素

#1: タンパク質 mitochondrial ferritin / ferritin heavy chain / ferritin H subunit


分子量: 20976.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N4E7
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Tris HCL, magnesium chloride, sodium chloride, bicine, sodium azide, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: W/SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→14.9 Å / Num. all: 25592 / Num. obs: 25592 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 4.91
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1123 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 65.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2FHA

2fha


解像度: 1.7→14.9 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1263 -random
Rwork0.17 ---
all0.18 25142 --
obs0.18 25142 87.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 5 210 1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.57
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 2205 -
Rwork0.2 --
obs-2394 68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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