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- PDB-1r00: Crystal structure of aclacinomycin-10-hydroxylase (RdmB) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r00
タイトルCrystal structure of aclacinomycin-10-hydroxylase (RdmB) in complex with S-adenosyl-L-homocysteine (SAH)
要素aclacinomycin-10-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / Anthracycline / hydroxylase / methyltransferase / polyketide / Streptomyces / tailoring enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1350 / Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1350 / Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces purpurascens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / fft / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jansson, A. / Niemi, J. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Aclacinomycin-10-Hydroxylase, a S-Adenosyl-L-Methionine-dependent Methyltransferase Homolog Involved in Anthracycline Biosynthesis in Streptomyces purpurascens.
著者: Jansson, A. / Niemi, J. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Schneider, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of aclacinomycin-10-methylesterase and aclacinomycin-10-hydroxylase from Streptomyces purpurascens
著者: Jansson, A. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.
履歴
登録2003年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Advisory / Data collection / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aclacinomycin-10-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2813
ポリマ－39,8381
非ポリマー4432
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: aclacinomycin-10-hydroxylase
ヘテロ分子

A: aclacinomycin-10-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5636
ポリマ－79,6762
非ポリマー8874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area7910 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.120, 92.130, 115.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 aclacinomycin-10-hydroxylase / RdmB


分子量: 39837.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア)
遺伝子: rdmb / プラスミド: pRDM16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL2-blue / 参照: UniProt: Q54527
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG4000, ammonium acetate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 Mammonium acetate1reservoir
30.2 Msodium acetate1reservoirpH5.0
42.2 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.076 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 12651 / Num. obs: 12651 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 96318 / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.252

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: fft
開始モデル: PDB entry 1QZZ, SAM-complex

1qzz


解像度: 2.5→30 Å
Isotropic thermal model: Individual isotropic B-factors for each atom
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
詳細: riding hydrogens; the occupancy is put to zero on the sidechains of Gln15, Asp57, Lys84, Glu219, Arg298, Arg319
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 7680 random
Rwork0.213 --
all0.218 12560 -
obs0.218 12560 -
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 30 91 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.395
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.329 75
Rwork0.241 -
obs-829
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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