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Yorodumi- PDB-1qz9: The Three Dimensional Structure of Kynureninase from Pseudomonas ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1qz9 | ||||||
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Title | The Three Dimensional Structure of Kynureninase from Pseudomonas fluorescens | ||||||
Components | KYNURENINASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / kynurenine / tryptophan / PLP / vitamin B6 / pyridoxal-5'-phosphate | ||||||
Function / homology | Function and homology information kynureninase / kynureninase activity / L-kynurenine catabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MIR, molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Momany, C. / Levdikov, V. / Blagova, L. / Lima, S. / Phillips, R.S. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2004 Title: Three-Dimensional Structure of Kynureninase from Pseudomonas fluorescens. Authors: Momany, C. / Levdikov, V. / Blagova, L. / Lima, S. / Phillips, R.S. | ||||||
History |
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Remark 600 | HETEROGEN THE LIGAND P3G IS A POLYETHYLENE GLYCOL POLYMER (POSSIBLY MYRISTIC ACID). | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. ...SEQUENCE NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN CLONING, SEQUENCE, AND EXPRESSION OF KYNURENINASE FROM PSEUDOMONAS FLUORESCENS. KOUSHIK SV, SUNDARARAJU B, MCGRAW RA, PHILLIPS RS. ARCH BIOCHEM BIOPHYS. 1997, V.344, PGS.301-8. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1qz9.cif.gz | 168.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1qz9.ent.gz | 132.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1qz9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/1qz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/1qz9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1c0nS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a dimer generated by applying the symmetry operator (X-Y,-Y,2/3-Z) translated by 1 unit along the b axis |
-Components
#1: Protein | Mass: 45949.977 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Plasmid: pTZ18U / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P83788, kynureninase |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
#3: Chemical | ChemComp-PLP / |
#4: Chemical | ChemComp-P3G / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: lithium chloride, PEG 400, potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging dropDetails: Jancarik, J., (1991) J. Appl. Crystallogr., 24, 409. |
Components of the solutions | *PLUS Conc.: 10 mg/ml / Common name: protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 15, 2000 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→58.72 Å / Num. obs: 29707 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 25.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1465 / % possible all: 92.9 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 58.7 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR, molecular replacement Starting model: PDB ENTRY 1C0N Resolution: 1.85→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.057 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC REFINEMENT WITH TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.127 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.478 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 58.7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 1.85 Å / Lowest resolution: 1.9 Å |