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- PDB-1qx8: Crystal structure of a five-residue deletion mutant of the Rop protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qx8
タイトルCrystal structure of a five-residue deletion mutant of the Rop protein
要素Regulatory protein ROP
キーワードTRANSCRIPTION / REPLICATION / INITIATION OF TRANSCRIPTION / RNA PRIMER / X-RAY
機能・相同性Regulatory protein rop / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Glykos, N.M. / Vlassi, M. / Papanikolaou, Y. / Kotsifaki, D. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Loopless Rop: structure and dynamics of an engineered homotetrameric variant of the repressor of primer protein.
著者: Glykos, N.M. / Papanikolau, Y. / Vlassi, M. / Kotsifaki, D. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Ionic strength reducers: an efficient approach to protein purification and crystallization. Application to two Rop variants
履歴
登録2003年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein ROP
B: Regulatory protein ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3572
ポリマ－13,3572
非ポリマー00
水97354
1
A: Regulatory protein ROP
B: Regulatory protein ROP

A: Regulatory protein ROP
B: Regulatory protein ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7144
ポリマ－26,7144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area10340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.476, 42.565, 51.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.68, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細Homotetramer. Apply -x,y,-z to chains A & B to generate.

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein ROP / RNA I inhibition modulator protein / RNA ONE modulator / rom / gtg start codon / regulatory protein ...RNA I inhibition modulator protein / RNA ONE modulator / rom / gtg start codon / regulatory protein rop / Repressor of primer


分子量: 6678.543 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion [30D-34Q] / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: five residues (30D-34Q) deleted / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rop / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38 / 参照: UniProt: P03051
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: NaCl, methanol, Bis-Tris, DTT, EDTA, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→33 Å / Num. all: 7271 / Num. obs: 7271 / % possible obs: 95.32 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 555 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RPO

1rpo


解像度: 2.02→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 5.206 / SU ML: 0.137 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Used TLS parameterisation for each of the two helices
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21218 361 5 %RANDOM
Rwork0.18946 ---
all0.19057 7270 --
obs0.19057 6909 95.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.46 Å20 Å2-0.75 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3---1.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.157 Å0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数789 0 0 54 843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9781108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.814596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8842493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4955795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7025330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.3528313
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.073 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 12
Rwork0.324 379
obs-391
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.242-1.67036.634-0.3996-1.01575.2749-0.14290.3462-0.3056-0.04040.0877-0.1585-0.0219-0.01430.05510.1327-0.0452-0.00720.0392-0.03330.07510.4323-3.3259-4.7916
23.63540.34360.8869-0.07960.30320.6521-0.1599-0.17380.1627-0.0220.02610.0124-0.0245-0.0590.13390.1194-0.00040.05320.00020.00570.1637-1.11563.68213.4525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 515 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 511 - 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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