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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qx8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a five-residue deletion mutant of the Rop protein | ||||||
![]() | Regulatory protein ROP | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / REPLICATION / INITIATION OF TRANSCRIPTION / RNA PRIMER / X-RAY | ||||||
機能・相同性 | Regulatory protein rop / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Glykos, N.M. / Vlassi, M. / Papanikolaou, Y. / Kotsifaki, D. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Loopless Rop: structure and dynamics of an engineered homotetrameric variant of the repressor of primer protein. 著者: Glykos, N.M. / Papanikolau, Y. / Vlassi, M. / Kotsifaki, D. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Ionic strength reducers: an efficient approach to protein purification and crystallization. Application to two Rop variants | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rpoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Homotetramer. Apply -x,y,-z to chains A & B to generate. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6678.543 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion [30D-34Q] / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: five residues (30D-34Q) deleted / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: NaCl, methanol, Bis-Tris, DTT, EDTA, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→33 Å / Num. all: 7271 / Num. obs: 7271 / % possible obs: 95.32 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 555 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RPO 解像度: 2.02→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 5.206 / SU ML: 0.137 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Used TLS parameterisation for each of the two helices
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.113 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.073 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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