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- PDB-1qx0: CONJUGATIVE RELAXASE TRWC IN COMPLEX WITH ORIT DNA. METAL-BOUND S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qx0
タイトルCONJUGATIVE RELAXASE TRWC IN COMPLEX WITH ORIT DNA. METAL-BOUND STRUCTURE
要素
  • DNA OLIGONUCLEOTIDE
  • trwC protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / BACTERIAL CONJUGATION / RELAXASE / DNA REPLICATION / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


G-quadruplex DNA unwinding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance / single-stranded DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TrwC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Prez-Luque, R. / Gomis-Rth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: RECOGNITION AND PROCESSING OF THE ORIGIN OF TRANSFER DNA BY CONJUGATIVE RELAXASE TRWC
著者: Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Prez-Luque, R. / Gomis-Rth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M.
履歴
登録2003年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA OLIGONUCLEOTIDE
A: trwC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9594
ポリマ－40,7972
非ポリマー1612
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.185, 91.185, 205.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 DNA OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 7714.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA FORMING A CRUCIFORM ARM
#2: タンパク質 trwC protein


分子量: 33082.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47673
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
225 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9839
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月17日
放射モノクロメーター: DIAMON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→43 Å / Num. obs: 24256 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル最高解像度: 2.26 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1OMH

1omh


解像度: 2.26→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 6.974 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2396 9.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.239 21836 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.08 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2288 512 6 178 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4972.1794006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3775287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.51426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51722257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09631473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3414.51749
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 164
Rwork0.248 1463
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0420.11610.38860.3153-0.13810.44590.0121-0.1813-0.0475-0.0428-0.03190.07840.04390.0210.01990.01410.03260.01330.1085-0.00850.058726.965112.580851.5715
20.67340.580.59770.49271.33692.2841-0.0873-0.24610.2738-0.0451-0.05190.1912-0.0064-0.03540.13930.0540.0110.00140.1922-0.08530.070939.490525.410662.5911
30.45890.47711.670.89162.20682.1067-0.0882-0.16740.1911-0.109-0.16240.084-0.4634-0.29750.25060.10290.00080.00070.1044-0.00080.103624.71541747.4673
40.46970.14730.11460.20840.09160.32330.0215-0.11180.0139-0.0507-0.022-0.00310.0416-0.01460.00040.04880.02890.00070.0964-0.0020.072629.706315.499551.2285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB1 - 271 - 27
2X-RAY DIFFRACTION1AB32 - 29332 - 293
3X-RAY DIFFRACTION2BA1 - 251 - 25
4X-RAY DIFFRACTION3A - BC - D294 - 1821
5X-RAY DIFFRACTION4A - BE - F295 - 2241 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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