[日本語] English
万見
- PDB-1qwa: NMR structure of 5'-r(GGAUGCCUCCCGAGUGCAUCC): an RNA hairpin deri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwa
タイトルNMR structure of 5'-r(GGAUGCCUCCCGAGUGCAUCC): an RNA hairpin derived from the mouse 5'ETS that binds nucleolin RBD12.
要素18S ribosomal RNA, 5'ETS
キーワードRNA / tetraloop / UNCG / UUCG / YNMG / bulged nucleotide / hairpin / A-form helix
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Finger, L.D. / Trantirek, L. / Johansson, C. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Solution Strucutres of Stem-loop RNAs that Bind to the Two N-terminal RNA Binding Domains of Nucleolin
著者: Finger, L.D. / Trantirek, L. / Johansson, C. / Feigon, J.
履歴
登録2003年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月1日Group: Other
改定 2.02021年4月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entity_src_syn ...chem_comp / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE FIRST TWO AND LAST TWO NUCLEOTIDES were DERIVED FROM THE MOUSE 5'ETS.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 18S ribosomal RNA, 5'ETS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6801
ポリマ－6,6801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 17all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA, 5'ETS


分子量: 6680.012 Da / 分子数: 1 / 断片: B2NRE / 由来タイプ: 合成
詳細: THE RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED in vitro using T7 RNA polymerase and synthetic DNA templates. THE SEQUENCE OF THE RNA IS NATURALLY FOUND IN MUS MUSCULUS (mouse).
由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: M20154

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
2322D TOCSY
242DQF-COSY
2541H-13C HSQC or HMQC
1631H-15N HMQC
NMR実験の詳細Text: Assignment methodology for this molecule is described in J. Biomol. NMR 9, 259-272 (1997) and Prog. in Nuc. Magn. Resonan. Spec. 32, 287-387 (1998).

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-1.5mM B2 NA, in 5mM potassium phosphate buffer, 50uM EDTA, 0.02% NaN3 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21-1.5mM B2 NA, in 5mM potassium phosphate buffer, 50uM EDTA, 0.02% NaN3, 99.999% D2O99.999% D2O
31mM B2 U 15N/13C, in 5mM potassium phosphate buffer, 50uM EDTa, 0.02% NaN3, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
41mM B2 U 15N/13C, in 5mM potassium phosphate buffer, 50uM EDTa, 0.02% NaN3, 99.999% D2O99.999% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
15mM potassium phosphate 7 ambient 278 K
25mM potassium phosphate 7 ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
AURELIA3.108Brukerデータ解析
X-PLORNIHBrunger構造決定
X-PLORNIHBrunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the ...コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 17

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る