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万見
- PDB-1qvn: Structure of SP4160 Bound to IL-2 V69A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qvn
タイトルStructure of SP4160 Bound to IL-2 V69A
要素Interleukin-2
キーワードCYTOKINE / IL-2 Small Molecule hot spot
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling ...kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / kinase activator activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / natural killer cell activation / : / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / carbohydrate binding / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Thanos, C.D. / Delano, W.L. / Wells, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Hot-spot mimicry of a cytokine receptor by a small molecule.
著者: Thanos, C.D. / DeLano, W.L. / Wells, J.A.
履歴
登録2003年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
B: Interleukin-2
C: Interleukin-2
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,23212
ポリマ－61,2274
非ポリマー3,0048
水00
1
A: Interleukin-2
C: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1166
ポリマ－30,6142
非ポリマー1,5024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-2
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1166
ポリマ－30,6142
非ポリマー1,5024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
3
A: Interleukin-2
ヘテロ分子

C: Interleukin-2
ヘテロ分子

B: Interleukin-2
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,23212
ポリマ－61,2274
非ポリマー3,0048
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_654-x+3/2,-y,z-1/21
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
4
A: Interleukin-2
ヘテロ分子

C: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1166
ポリマ－30,6142
非ポリマー1,5024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.514, 85.134, 122.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF / Aldesleukin


分子量: 15306.823 Da / 分子数: 4 / 変異: V69A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60568
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FRI / 2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID [2-(4-{5-[4-(4-ACETYLAMINO-BENZYLOXY)-2,3-DICHLORO-PHENYL]-2-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YL}-PIPERIDIN-1-YL)-2-OXO-ETHYL]-AMIDE / SP4160 / SP-4160


分子量: 685.644 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42Cl2N8O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.05 M Zinc Acetate, 0.075 M Magnesium Chloride, 18% (w/v) Polyethylene Glycol 10K, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 5.9. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. obs: 14582 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.768 Å / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 18.871 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30784 771 5 %RANDOM
Rwork0.25844 ---
all0.26098 40387 --
obs0.26098 14582 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.777 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.24 Å20 Å20 Å2
2--3.41 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 192 0 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d1.8880.0224130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg14.7892.0245569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4365480
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr7.0590.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0690.022948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.4710.024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.6580.22264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2962.52448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38353967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5062.51682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.89151602
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.449 54
Rwork0.295 1036
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.16970.34941.45820.81320.3191.98660.0595-0.003-0.1514-0.0633-0.00970.04210.2319-0.1754-0.04990.5165-0.0394-0.01550.39190.0010.444533.132215.407285.9276
22.7124-1.2627-0.741.3139-0.03711.05330.1474-0.07930.2831-0.00360.0366-0.0002-0.19480.1255-0.1840.4356-0.01580.00910.4335-0.00590.469239.765623.17159.2933
33.8009-1.689-0.13492.61240.2991.0658-0.0333-0.01460.1962-0.1021-0.0095-0.0538-0.1197-0.10590.04280.4486-0.0193-0.00460.44280.01130.38340.21325.548869.4215
42.5673-1.56770.56331.4162-0.70131.7450.01520.0664-0.12140.0046-0.04250.1060.10410.21660.02720.4661-0.00870.02190.4312-0.01060.434919.05898.873922.1264
57.6531-16.0323-1.513-4.022926.4964-11.04530.1081-0.35830.8265-0.5663-1.399-0.6514-2.9061.02071.29080.7471-0.1136-0.09080.7563-0.05270.882916.42816.981480.4671
619.05180.53523.768254.205912.949911.48640.082-0.2239-1.101-1.13340.0509-3.71470.50780.3231-0.13290.4027-0.0229-0.02590.4411-0.03850.441251.287813.68780.2049
711.06152.0928-3.7663-14.838322.52723.9421-0.04970.2561-0.8059-0.1313-0.3984-1.00321.44141.46610.44810.47720.0711-0.02530.5577-0.00670.395311.484113.698563.5567
85.4964-4.0689-6.6832-27.056425.26243.95280.0547-0.2341-0.5205-1.2186-0.10440.8647-0.6448-1.23760.04970.5739-0.1011-0.07220.8223-0.14010.60382.038911.928217.7677
90000000000000001.01760.1192-0.05450.54930.51391.064129.574514.364811.6986
100000000000000001.24160.1635-0.56730.47990.0660.669441.710717.868775.4306
110000000000000000.71170.04540.34530.30060.01330.601448.033817.3557-5.8098
120000000000000000.50160.10790.17920.4580.17540.74128.690116.023756.5732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1324 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1324 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 1324 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4DD4 - 1324 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5AI2011
6X-RAY DIFFRACTION6BJ3011
7X-RAY DIFFRACTION7CK4011
8X-RAY DIFFRACTION8DL5011
9X-RAY DIFFRACTION9BE6011
10X-RAY DIFFRACTION10AF7011
11X-RAY DIFFRACTION11BG8011
12X-RAY DIFFRACTION12CH9011

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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