PDB-1qve: Crystal structure of the truncated K122-4 pilin from Pseudomonas ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qve

タイトル

Crystal structure of the truncated K122-4 pilin from Pseudomonas aeruginosa

要素

Fimbrial protein

キーワード

CELL ADHESION / Type IV Pilin / Lectin / Adhesin / Pseudomonas

機能・相同性

機能・相同性情報

type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / glycosphingolipid binding / biological process involved in interaction with host / periplasmic space / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Audette, G.F. / Irvin, R.T. / Hazes, B.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystallographic Analysis of the Pseudomonas aeruginosa Strain K122-4 Monomeric Pilin Reveals a Conserved Receptor-Binding Architecture
著者: Audette, G.F. / Irvin, R.T. / Hazes, B.

履歴

登録	2003年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qve.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qve.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1qve_validation.pdf.gz	402.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qve_full_validation.pdf.gz	403 KB	表示
XML形式データ	1qve_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	1qve_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rg0C 1ayzS 1dzo 1hpw 1oqv 1oqw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eay-d 1mx4-d 1ytq-2 6ley-2 3irp-d 1mx2-d 3462 5kj4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fimbrial protein

B: Fimbrial protein

25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.184, 38.930, 37.228
Angle α, β, γ (deg.)	66.39, 111.11, 93.74
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 32 - 147 / Label seq-ID: 8 - 123

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

Type IV pilins are initially produced as integral inner membrane proteins that are subsequently assembled into a helical fiber. The dimer present in our P1 unit cell is not believed to reflect a biological complex.

#1: タンパク質	Fimbrial protein / Pilin / Strain K122-4 分子量: 12845.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K122-4 / 遺伝子: PILA OR FIMA / プラスミド: pMAL-p2X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2507 / 参照: UniProt: P17838
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.25 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, Potassium Phosphate Monobasic, Sodium Cacodylate, Tris HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→37 Å / Num. obs: 26457 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.54→1.61 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 2260 / R_sym value: 0.096 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1AYZ

1ayz

解像度: 1.54→35.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.398 / SU ML: 0.052 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17855	1336	5 %	RANDOM
R_work	0.13905	-	-	-
obs	0.14112	25365	93.92 %	-
all	-	25635	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0.01 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.197 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→35.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1789	0	0	289	2078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.958	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.799	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.318	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.053	1.5	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.569	2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.22	3	569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.255	4.5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.136	2	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	3.942	2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.845	2	1789

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1516 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.47	5
loose thermal	0.88	10

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	86	-
R_work	0.156	1810	-
obs	-	1810	90.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2398	3.5928	1.8229	15.7265	7.3222	3.7765	-0.1138	0.0944	0.1118	-0.2199	0.0863	0.2974	-0.1358	0.0325	0.0275	0.0433	0.0183	-0.0233	0.053	0.0138	0.0751	-3.1256	1.0584	-2.0565
2	5.1975	5.9622	-0.0479	11.8592	0.2073	2.4233	0.0107	-0.2198	0.1554	0.2442	-0.1816	0.3535	0.0954	-0.1996	0.1708	0.095	-0.0046	0.0243	0.0616	-0.0273	0.0395	-1.6716	4.6081	12.358
3	1.124	0.0693	-0.0687	2.9316	0.2322	1.5419	0.0513	-0.0002	-0.0217	0.0164	-0.0636	0.0638	-0.0108	-0.0167	0.0123	0.0135	0.0179	-0.0051	0.024	-0.0086	0.0193	1.9231	-0.229	0.6223
4	1.1906	0.6436	0.0663	9.2628	3.8519	10.4551	-0.2086	0.2024	-0.0829	-0.4524	-0.0698	0.3459	0.0831	-0.3069	0.2784	0.0444	-0.0244	0.0233	0.0523	-0.0248	0.0911	4.4804	-5.7545	-9.4574
5	33.1636	-2.1431	-19.9754	2.9647	0.5256	11.0204	0.5032	-0.9745	0.5984	-0.1041	-0.1419	-0.2244	-0.2142	0.5828	-0.3613	0.1059	-0.0338	-0.0057	0.0864	-0.0278	0.0243	17.6419	-3.6957	-16.1415
6	2.2597	2.2281	-3.5255	5.4257	-8.0136	14.961	0.0862	-0.0593	-0.1012	0.0585	-0.3763	-0.2611	-0.0637	0.5575	0.2901	0.0223	0.0172	-0.0005	0.1077	0.0279	0.0799	18.5677	35.2146	8.7707
7	2.1689	-2.0823	0.8396	13.6612	-4.0163	4.8129	0.0684	0.2288	-0.1184	-0.1302	-0.2469	0.0076	0.5019	0.4769	0.1784	0.1509	0.0482	0.0463	0.1158	-0.0138	0.0392	16.2671	31.4796	-5.1993
8	1.6324	0.8947	-0.5733	4.2234	-2.6268	3.6967	0.0619	-0.0948	-0.0091	-0.0676	-0.1192	-0.0964	0.1009	0.2423	0.0573	0.0142	0.0153	-0.0021	0.0626	-0.0169	0.0205	13.0632	35.991	6.7321
9	1.7006	0.5508	1.894	4.1625	0.0929	5.8162	-0.0034	-0.3922	-0.0416	0.3615	-0.2039	-0.0675	-0.1043	0.2579	0.2073	0.0695	0.0019	0.0019	0.1139	-0.0031	0.0502	8.9419	39.1589	17.7793
10	11.9484	-9.3253	-8.9329	12.1003	9.9608	9.5747	0.2577	0.7045	0.1564	-0.1284	-0.5182	0.1166	-0.1685	-0.4962	0.2605	0.1035	-0.0157	0.003	0.0741	-0.0085	0.0383	1.7522	49.6015	19.8211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 54	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	55 - 72	31 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	73 - 128	49 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	129 - 142	105 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	143 - 150	119 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	25 - 54	1 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	55 - 72	31 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	73 - 128	49 - 104
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	129 - 142	105 - 118
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	143 - 149	119 - 125

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