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- PDB-1qti: Acetylcholinesterase (E.C.3.1.1.7) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qti
タイトルAcetylcholinesterase (E.C.3.1.1.7)
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / ALZHEIMER'S DISEASE / DRUG / SERINE HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVEAGE / CATALYTIC TRIAD
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / choline metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(-)-GALANTHAMINE / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bartolucci, C. / Perola, E. / Pilger, C. / Fels, G. / Lamba, D.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of a complex of galanthamine (Nivalin) with acetylcholinesterase from Torpedo californica: implications for the design of new anti-Alzheimer drugs
著者: Bartolucci, C. / Perola, E. / Pilger, C. / Fels, G. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Potent Acetylcholinesterase Inhibitors-Design, Synthesis, and Structure- Activity Relationships of Bis-Interacting Ligands in the Galanthamine Series
著者: Mary, A. / Renko, D.Z. / Guillou, C. / Thal, C.
#3: ジャーナル: Tetrahedron Lett. / 年: 1998
タイトル: New Kilogram-Synthesis of the Anti-Alzheimer Drug (-)-Galanthamine
著者: Czollner, L. / Frantsits, W. / Kuenburg, B. / Hedenig, U. / Frohlich, J. / Jordis, U.
#4: ジャーナル: To be Published
タイトル: Prediction of the Binding Site of (-)-Galanthamine in Acetylcholinesterase by Docking Studies
著者: Pilger, C. / Bartolucci, C. / Lamba, D. / Tropsha, A. / Fels, G.
履歴
登録1999年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年6月2日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol / struct_site
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0242
ポリマ－60,7371
非ポリマー2871
水3,099172
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0484
ポリマ－121,4732
非ポリマー5752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area37120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.824, 110.824, 136.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE


分子量: 60736.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH GALANTHAMINE / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-GNT / (-)-GALANTHAMINE / ガランタミン


分子量: 287.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 40% PEG 200, 100MM MES (pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 詳細: Sussman, J.L., (1988) J. Mol. Biol., 203, 821.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135 %PEG2001reservoir
28-10 mg/mlprotein1drop
318 %PEG2001drop
40.5 MMES1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 42574 / Num. obs: 38494 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 85.9
反射
*PLUS
Num. obs: 42574 / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 188745
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.9 % / Num. unique obs: 5493 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: IN THE LAST FEW REFINEMENT CYCLES VERY WEAK REFLECTIONS WITH A RATIO FCALC/FOBS GREATER THAN 2.5, CLEARLY AFFECTED BY SYSTEMATIC MEASUREMENTS ERRORS, WERE EXCLUDED FROM THE CALCULATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1332 4.9 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 27322 80.4 %-
all-32390 --
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 0 21 172 4396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.892
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it42
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 213 5.1 %
Rwork0.269 4023 -
obs--81.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.64
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.275 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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