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万見
- PDB-1qtg: AVERAGED NMR MODEL OF SWITCH ARC, A DOUBLE MUTANT OF ARC REPRESSOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qtg
タイトルAVERAGED NMR MODEL OF SWITCH ARC, A DOUBLE MUTANT OF ARC REPRESSOR
要素Transcriptional repressor arc
キーワードGENE REGULATION / BETA-SHEET / RIGHT-HANDED HELIX / STRUCTURAL CHANGE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc-like DNA binding domain / Arc-like DNA binding domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor arc
類似検索 - 構成要素
生物種Lederbergvirus P22 (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cordes, M.H.J. / Walsh, N.P. / McKnight, C.J. / Sauer, R.T.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Evolution of a protein fold in vitro.
著者: Cordes, M.H. / Walsh, N.P. / McKnight, C.J. / Sauer, R.T.
履歴
登録1999年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor arc
B: Transcriptional repressor arc


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4772
ポリマ－12,4772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional repressor arc


分子量: 6238.272 Da / 分子数: 2 / 変異: N11L, L12N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lederbergvirus P22 (ウイルス) / 属: P22-like viruses / 解説: MUTATED SYNTHETIC ARC GENE / 遺伝子: arc / プラスミド: PET800-SWITCH_ARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03050

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射波長相対比: 1

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解析

精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: GENERATION OF THIS MODEL OF THE SWITCH ARC MUTANT INVOLVED A COMBINATION OF EXPERIMENTAL AND SIMU LATED DISTANCE RESTRAINTS. FOR RESIDUES 7-14, 81 NOE CROSSPEAKS WERE OBTAINED FROM A 50-MS 2D ...詳細: GENERATION OF THIS MODEL OF THE SWITCH ARC MUTANT INVOLVED A COMBINATION OF EXPERIMENTAL AND SIMU LATED DISTANCE RESTRAINTS. FOR RESIDUES 7-14, 81 NOE CROSSPEAKS WERE OBTAINED FROM A 50-MS 2D NOES Y SPECTRUM AND WERE TRANSLATED INTO STRONG (1.8-2.8 A), MEDIUM (1.8-3.3 A), MEDIUM-WEAK (1.8-3.8 A ) AND WEAK (1.8-4.3 A) DISTANCE RESTRAINTS.18 ADDITIONAL CROSSPEAKS WERE OBTAINED FROM A 150-MS 3D NOESY SPECTRUM AND WERE ASSIGNED LOOSER RESTRAINTS (1.8 TO 4.0 A OR 1.8 TO 6.0 A)BECAUSE OF THE L ONGER MIXING TIME USED IN THIS EXPERIMENT. TO SIMULATE THE STRUCTURE OF RESIDUES 14 TO 53 (RESIDUE 14 WAS DESCRIBED BY BOTH ACTUAL AND COMPUTED RESTRAINTS), A LIST OF 1635 DISTANCES WAS GENERATED BETWEEN PAIRS OF HEAVY ATOMS WITHIN 4 A OF EACH OTHER IN THE WILD-TYPE ARC CRYSTAL STRUCTURE, AND THE INTERATOMIC DISTANCES WERE CONSTRAINED TO BE WITHIN + OR - 1.0 A OF THIS VALUE. 28 INITIAL STR UCTURES WITH RANDOM CONFIGURATIONS FOR RESIDUES 1 TO 13 WERE GENERATED BY PERFORMING A SET OF CALC ULATIONS WITH ONLY THE SIMULATED RESTRAINTS FOR RESIDUES 14 TO 53. THEN, 28 MODEL STRUCTURES WERE GENERATED BY INCLUDING THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS FOR RESIDUES 7 TO 14. NO RESTRAINTS WERE USED F OR RESIDUES 1 TO 6, WHICH APPEAR TO BE DISORDERED. AMBIGUITIES IN INTRA- AND INTERMOLECULAR NOE AS SIGNMENT RESULTING FROM ARC'S TWOFOLD SYMMETRY WERE RESOLVED COMPUTATIONALLY AS DESCRIBED (M. NILG ES, PROTEIN STRUCT. FUNCT. GENET. 17, 297 (1993).19 OF 28 STRUCTURES WERE ACCEPTED WITH NO NOE VIO LATIONS GREATER THAN 0.3 A. THE FIVE STRUCTURES WITH THE HIGHEST ENERGY, WHICH ALSO CONTAINED BACK BONE DIHEDRAL ANGLES IN DISALLOWED REGIONS OF RAMACHANDRAN SPACE, WERE DISCARDED. THE REMAINING 14 STRUCTURES, WHICH HAD PAIRWISE RMSD'S OF 0.6 A (BACKBONE) AND 1.6 A (HEAVY), WERE USED TO GENERAT E A MINIMIZED AVERAGE MODEL.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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