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万見
- PDB-1qs1: CRYSTAL STRUCTURE OF VEGETATIVE INSECTICIDAL PROTEIN2 (VIP2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qs1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VEGETATIVE INSECTICIDAL PROTEIN2 (VIP2)
要素ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTOXIN / ALPHA-BETA PROTEIN / BINARY TOXIN / INSECTICIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Binary exotoxin A, clostridial type / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Han, S. / Craig, J.A. / Putnam, C.D. / Carozzi, N.B. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Evolution and mechanism from structures of an ADP-ribosylating toxin and NAD complex.
著者: Han, S. / Craig, J.A. / Putnam, C.D. / Carozzi, N.B. / Tainer, J.A.
履歴
登録1999年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
B: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
C: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
D: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,0794
ポリマ－210,0794
非ポリマー00
水27,0411501
1
A: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5201
ポリマ－52,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5201
ポリマ－52,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5201
ポリマ－52,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5201
ポリマ－52,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.900, 78.700, 105.900
Angle α, β, γ (deg.)108.65, 89.96, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 52519.730 Da / 分子数: 4 / 断片: MATURE VIP2 / 変異: WILD TYPE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 発現宿主: Bacillus cereus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q844J9*PLUS, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG200, BOG, IMIDAZOLE, MALATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
330 %(w/v)PEG2001reservoir
41 %(w/v)octyl-beta-D-glucopyranoside1reservoir
5200 mMimidazole/malate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 468627 / Num. obs: 215237 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / % possible all: 69.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 468627
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.2 % / Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 21485 -RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 215166 81.4 %-
all-215166 --
原子変位パラメータBiso mean: 24.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.143 Å20 Å20 Å2
2--1.527 Å20.225 Å2
3----1.384 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12824 0 0 1501 14325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.78
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 --
Rwork0.3 16476 -
obs--55.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rfactor Rfree: 0.308 / Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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