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- PDB-1qql: THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7/1 CHIMERA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qql
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7/1 CHIMERA
要素Fibroblast growth factor 7, Fibroblast growth factor 1 chimera
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / BETA-TREFOIL / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


secretion by lung epithelial cell involved in lung growth / FGFR2b ligand binding and activation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI3K Cascade / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of keratinocyte proliferation ...secretion by lung epithelial cell involved in lung growth / FGFR2b ligand binding and activation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI3K Cascade / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of keratinocyte proliferation / Negative regulation of FGFR2 signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / phosphatidylcholine biosynthetic process / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of keratinocyte migration / mesenchymal cell proliferation / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / phospholipid biosynthetic process / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / regulation of synapse maturation / surfactant homeostasis / S100 protein binding / endothelial cell proliferation / RAF/MAP kinase cascade / protein localization to cell surface / hair follicle morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / positive chemotaxis / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of intracellular signal transduction / myoblast proliferation / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / anatomical structure morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / activation of protein kinase B activity / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / ovarian follicle development / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / neurogenesis / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by FGFR1 in disease / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration / lung development / Negative regulation of FGFR3 signaling / regulation of cell migration / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / wound healing / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / GABA-ergic synapse / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1 / Fibroblast growth factor 7 / Fibroblast growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ye, S. / Luo, Y. / Pelletier, H. / McKeehan, W.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structural basis for interaction of FGF-1, FGF-2, and FGF-7 with different heparan sulfate motifs.
著者: Ye, S. / Luo, Y. / Lu, W. / Jones, R.B. / Linhardt, R.J. / Capila, I. / Toida, T. / Kan, M. / Pelletier, H. / McKeehan, W.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The glycine box: a determinant of specificity for fibroblast growth factor.
著者: Luo, Y. / Lu, W. / Mohamedali, K.A. / Jang, J.H. / Jones, R.B. / Gabriel, J.L. / Kan, M. / McKeehan, W.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Human KGF is FGF-related with properties of a paracrine effector of epithelial cell growth.
著者: Finch, P.W. / Rubin, J.S. / Miki, T. / Ron, D. / Aaronson, S.A.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structure of a heparin-linked biologically active dimer of fibroblast growth factor.
著者: DiGabriele, A.D. / Lax, I. / Chen, D.I. / Svahn, C.M. / Jaye, M. / Schlessinger, J. / Hendrickson, W.A.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Heparin structure and interactions with basic fibroblast growth factor.
著者: Faham, S. / Hileman, R.E. / Fromm, J.R. / Linhardt, R.J. / Rees, D.C.
履歴
登録1999年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月2日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 7, Fibroblast growth factor 1 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4341
ポリマ－16,4341
非ポリマー00
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.8, 89.8, 65.5
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 7, Fibroblast growth factor 1 chimera / FGF / FGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Endothelial cell growth factor / ECGF / ...FGF / FGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Endothelial cell growth factor / ECGF / Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1


分子量: 16433.945 Da / 分子数: 1
断片: DUAL-FUNCTION CHIMERA BETWEEN RAT FGF-7 ENCODED BY EXON 1 AND 2 AND HUMAN FGF-1 ENCODED BY EXON 3,DUAL-FUNCTION CHIMERA BETWEEN RAT FGF-7 ENCODED BY EXON 1 AND 2 AND HUMAN FGF-1 ENCODED BY EXON 3
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
属: Rattus, Homo / 生物種: , / 株: , / 解説: NONE / 遺伝子: Fgf7, FGF1, FGFA / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9ERN5, UniProt: P05230, UniProt: Q02195*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: SODIUM PHOSPHATE, POTASSIUM PHOSPHATE, SODIUM SULPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.0
320 mMammonium sulfate1drop
410 mMdithiothreitol1drop
50.2 mMEDTA1drop
61.75 Msodium potassium phosphate1reservoirpH7.0
720 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1991
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンCHESS F210.9794
シンクロトロンCHESS F220.9792
シンクロトロンCHESS F230.9639
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1998年12月31日
2
3
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97921
30.96391
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 7140 / Num. obs: 7140 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / % possible all: 95
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 64157
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 623 -RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.262 6863 --
obs0.246 6024 87.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 0 159 1241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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