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万見
- PDB-1qp1: KAPPA VARIABLE LIGHT CHAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qp1
タイトルKAPPA VARIABLE LIGHT CHAIN
要素BENCE-JONES KAPPA I ANTIBODY BRE (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / BETA SANDWICH / DOUBLE SPIRAL
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa variable 1-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Steinrauf, L.K.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1999
タイトル: Molecular structure of the amyloid-forming protein kappa I Bre.
著者: Steinrauf, L.K. / Chiang, M.Y. / Shiuan, D.
#1: ジャーナル: Am.Cryst.Assoc.,Abstr.Papers (Annual Meeting)
年: 1993
タイトル: Structure of an Immunoglubulin Kappa Variable Light Chain Associated with Primary Amyloidosis
著者: Steinrauf, L.K. / Hamilton, J.A. / Clawson, D. / Liepnieks, J. / Murrell, J. / Benson, M.D.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Tertiary Structure of an Amyloid Immunoglobulin Light Chain Protein: A Proposed Model for Amyloid Fibril Formation
著者: Schormann, N. / Murrell, J.R. / Liepnieks, J.R. / Benson, M.D.
履歴
登録1999年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BENCE-JONES KAPPA I ANTIBODY BRE (LIGHT CHAIN)
B: BENCE-JONES KAPPA I ANTIBODY BRE (LIGHT CHAIN)
C: BENCE-JONES KAPPA I ANTIBODY BRE (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3643
ポリマ－35,3643
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.990, 82.560, 77.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-165-

HOH

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要素

#1: 抗体 BENCE-JONES KAPPA I ANTIBODY BRE (LIGHT CHAIN)


分子量: 11787.930 Da / 分子数: 3 / 断片: IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT, VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BONE MARROW / プラスミド: PCZ11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: I39154, UniProt: P01594*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: AMMONIUM SULFATE, CITRATE BUFFER, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
260 %ammonium sulfate11
3200 mMcitrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年8月11日
放射モノクロメーター: BENT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→60 Å / Num. all: 89999 / Num. obs: 22485 / % possible obs: 68.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.06→2.18 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 50.25
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE BENCE-JONES PROTEINS ROY: COLMAN, SCHRAMM, GURS J. MOL. BIOL. 116, 73, 1977 AND REI: EPP, COLMAN, FEHLHAMMER, BODE, SCHIFFER, HUBER, AND PALM EUR. J. BIOCHEM. 45, 513 1974

解像度: 2.06→20 Å / Num. parameters: 1040 / Num. restraintsaints: 984 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2248 10 %10% CHOSEN AT RANDOM FROM LIST OF REFLECTIONS SORTED ON SIZE OF F.
Rwork0.153 ---
all0.183 32634 --
obs0.188 22485 68.9 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2708
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2487 0 0 191 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0169
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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