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- PDB-4wa0: The structure of a possible adhesin C-terminal domain from Caldic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wa0
タイトルThe structure of a possible adhesin C-terminal domain from Caldicellulosiruptor kronotskyensis
要素possible adhesin
キーワードCELL ADHESION / Beta-helix / Caldicellulosiruptor
機能・相同性Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / metal ion binding / membrane / Type 4 fimbrial biogenesis protein PilX N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caldicellulosiruptor kronotskyensis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discrete and Structurally Unique Proteins (Tapirins) Mediate Attachment of Extremely Thermophilic Caldicellulosiruptor Species to Cellulose.
著者: Blumer-Schuette, S.E. / Alahuhta, M. / Conway, J.M. / Lee, L.L. / Zurawski, J.V. / Giannone, R.J. / Hettich, R.L. / Lunin, V.V. / Himmel, M.E. / Kelly, R.M.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.pdbx_ordinal
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: possible adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4002
ポリマ－38,3761
非ポリマー241
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.507, 75.290, 77.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Structure contains the C-terminal domain of the protein. Oligomeric state of the full protein is unknown.

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要素

#1: タンパク質 possible adhesin


分子量: 38375.898 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 260-617 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor kronotskyensis (バクテリア)
株: DSM 18902 / VKM B-2412 / 2002 / 遺伝子: Calkro_0844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4SDB5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS MOLECULE WAS PRODUCED WITH THERMOLYSIN CLEAVAGE FROM A LARGER PROTEIN. THE EXACT SEQUENCE OF ...THIS MOLECULE WAS PRODUCED WITH THERMOLYSIN CLEAVAGE FROM A LARGER PROTEIN. THE EXACT SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZED ENTITY IS UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: PEG ion HT screen from Hampton Research (Aliso Viejo, CA) condition G12 containing 0.07 M Citric acid, 0.03 M BIS-TRIS propane, and 16% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月24日
放射モノクロメーター: HELIOS MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→55 Å / Num. obs: 40244 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.24 % / Biso Wilson estimate: 14.323 Å2 / Net I/σ(I): 17.48
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.69 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUS3013.8-1データスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→53.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.281 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 1968 4.9 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.1522 38105 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→53.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2678 0 1 549 3228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.9784080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92836474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9645410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24625.738122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21515476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6551514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9891.7621571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9831.7581570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8812.6242004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8832.6292005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.862.0231401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.862.0261402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2442.9482077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.08116.6343665
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.60815.223330
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 137 -
Rwork0.257 2697 -
obs--96.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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